结论：在一般情况下，保安每天上班12小时且两班倒的工作制度是不合法的，因为这超出了《中华人民共和国劳动法》规定的每日工作时间不超过8小时的标准。然而，如果保安岗位经过劳动行政部门批准实行不定时工作制或综合计算工时工作制，并且符合相关法律规定，那么在某些情况下，这种工作制度可能不违法。但无论如何，用人单位都应确保劳动者的休息休假权利，并依法支付加班工资。
详细分析：
标准工时制下的违法性：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第三十六条，国家实行劳动者每日工作时间不超过八小时、平均每周工作时间不超过四十四小时的工时制度。保安每天上班12小时，显然超出了这一法定标准，因此在标准工时制下，这种工作制度是违法的。
特殊工时制下的合法性：
- 某些企业因生产经营特点，可申请实行不定时工作制或综合计算工时工作制，但需经劳动行政部门审批。若保安岗位经审批实行这些特殊工时制，且在计算周期内平均日工作时间和平均周工作时间与法定标准基本相同，则可能合法。但即便如此，若计算周期内总工时超出法定标准，超出部分仍应算作加班，并依法支付加班工资。
加班及报酬规定：
- 即使采用特殊工时制，若用人单位安排保安延长工作时间，也应依法支付加班工资。具体来说，延长工作时间（即加点）的，应支付不低于工资的150%的工资报酬；休息日安排工作且不能安排补休的，应支付不低于工资的200%的工资报酬；法定休假日安排工作的，应支付不低于工资的300%的工资报酬。
休息休假权利：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第三十八条，用人单位应当保证劳动者每周至少休息一日。保安每天上班12小时且两班倒，很可能无法保证每周至少休息一日，这剥夺了保安的基本休息休假权利，因此也是违法的。
夜班劳动保护：
- 长期夜班工作对劳动者健康有害。《劳动法》及相关法规要求用人单位为夜班劳动者提供必要的劳动保护和保健措施。如果用人单位未合理安排保安的休息时间，增加了其身心健康的风险，这也不符合劳动保护要求。
建议与后果：
- 如果保安认为用人单位的工时安排和加班报酬支付不合理、不合法，有权与用人单位协商。
- 协商不成时，保安可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。
- 用人单位如果强制要求保安每天工作12小时且两班倒，且未依法支付加班工资或安排补休，那么这种行为将构成违法。用人单位可能面临法律处罚和社会声誉损失等严重后果。
综上所述，保安每天上班12小时且两班倒的工作制度在未经特殊审批且未依法支付加班工资或安排补休的情况下是违法的。用人单位应严格遵守劳动法的规定，合理安排保安人员的工作时间和休息休假，确保劳动者的身心健康和合法权益得到充分保障。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。