在公司自行清算的情况下，债权人既可以选择申报债权，也可以选择直接起诉，但具体选择哪种方式需根据实际情况和清算程序进展来决定。以下是对这两种方式的详细分析：
申报债权
法律依据：
- 根据《中华人民共和国公司法》及相关司法解释，公司清算时，清算组应当自成立之日起十日内通知债权人，并于六十日内在报纸上公告。债权人应当自接到通知书之日起三十日内，未接到通知书的自公告之日起四十五日内，向清算组申报其债权。
操作流程：
- 债权人需按照清算组发布的通知或公告要求，在规定时间内向清算组申报债权，提交相关证据材料，如合同、发票、付款记录等。
- 清算组会对申报的债权进行登记、审核，并编制债权表。
法律后果：
- 申报债权后，债权人将参与公司清算程序，按照法定顺序和比例受偿。
- 如果清算程序顺利完成，且公司资产足以清偿全部债务，债权人将获得相应清偿。
- 如果清算程序中发现公司资产不足以清偿全部债务，清算组将依法向人民法院申请宣告破产，债权人将转入破产程序受偿。
直接起诉
适用情形：
- 如果债权人认为公司清算组未依法履行通知或公告义务，导致其未能及时申报债权，或者清算组存在其他违法行为损害其权益，债权人可以选择直接起诉。
- 另外，如果公司清算程序已经终结，但债权人仍有未受清偿的债权，且认为清算组在清算过程中存在过错或违法行为，也可以选择起诉清算组成员或相关责任人。
操作流程：
- 债权人需准备起诉状、相关证据材料（如合同、发票、付款记录、清算组未履行通知或公告义务的证据等），并向有管辖权的人民法院提起诉讼。
- 法院将依法审理案件，并作出判决。
法律后果：
- 如果法院判决债权人胜诉，清算组或相关责任人需承担相应的法律责任，如赔偿债权人损失等。
- 但需要注意的是，直接起诉并不意味着债权人可以绕过清算程序直接获得清偿。在清算程序未终结前，法院可能会要求债权人先参与清算程序受偿。
综合建议
优先申报债权：
- 在公司清算程序开始后，债权人应优先按照清算组的要求申报债权，以确保自己的权益得到及时保障。
- 申报债权是参与清算程序、了解公司资产和负债情况、争取受偿机会的重要途径。
考虑直接起诉的情形：
- 如果债权人认为清算组存在违法行为或未依法履行义务，且该行为已经或可能损害其权益，可以考虑直接起诉。
- 另外，如果清算程序已经终结但债权人仍有未受清偿的债权，且认为清算组存在过错或违法行为，也可以选择起诉。
咨询专业律师：
- 在处理公司清算相关事务时，债权人可能会遇到复杂的法律问题。因此，建议债权人咨询专业律师，以获取更具体、更专业的法律建议。
作为杨甜律师，我擅长处理公司法务领域的法律问题，包括破产清算、兼并收购、改制重组等。如果您在公司清算过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。