若行政案件在90日内未能结案，当事人可采取以下措施维护自身权益：
了解案件未结案的具体原因
根据《中华人民共和国行政诉讼法》第八十一条规定，行政诉讼案件的审理期限一般为六个月，但存在特殊情况（如需调查取证、鉴定、中止诉讼等）时，审理期限可能延长。若案件未在90日内结案，当事人可先通过法院立案庭或承办法官了解案件进展及未结案的具体原因，确认是否存在法定延期事由。
向法院申请督促或催办
若案件未结案系因法院内部流程延误（如未及时安排开庭、未及时送达文书等），当事人可向法院立案庭或审判管理部门提交书面催办申请，要求法院加快审理进度。根据《最高人民法院关于严格执行案件审理期限制度的若干规定》，法院有义务在法定期限内审结案件，当事人有权监督。
向上级法院申请提级管辖或指定管辖
若案件长期未结案系因地方保护主义、行政干预等特殊原因，当事人可根据《中华人民共和国行政诉讼法》第二十四条的规定，向上一级法院申请提级管辖，或请求上一级法院指定其他法院审理，以打破审理僵局。
通过信访或投诉渠道反映情况
若法院存在故意拖延、不作为等违法行为，当事人可向法院的纪检监察部门或上级法院的信访部门反映情况，要求对相关责任人进行问责。根据《人民法院工作人员处分条例》，故意拖延办案、违反审理期限规定的行为，可能面临纪律处分。
申请国家赔偿（若因超期审理导致权益受损）
若因法院超期审理导致当事人合法权益受到损害（如错过最佳维权时机、损失扩大等），当事人可根据《中华人民共和国国家赔偿法》第三十八条的规定，在诉讼程序终结后，向法院申请国家赔偿，要求赔偿因超期审理造成的直接损失。
温馨提示：行政案件的审理期限可能因案件复杂程度、证据调取难度等因素而延长，但法院有义务在法定期限内审结案件。若您遇到行政案件超期未结的情况，可直接向我咨询具体应对方案，我将结合案件细节为您提供专业建议。