行政案件办理超过90天，需根据具体情形判断处理方式，核心结论如下：
若案件属于法定可延长情形
根据《行政诉讼法》第81条及《行政处罚法》第60条，行政案件办理期限原则上为立案之日起6个月内审结（诉讼案件）或90日内作出行政处罚决定（行政处罚案件），但存在法定延长事由时，期限可延长。例如：
- 诉讼案件：因案件复杂、涉及鉴定、公告送达等程序，法院可依法延长审理期限，但需出具书面裁定并告知当事人；
- 行政处罚案件：因调查取证困难、当事人不配合等，行政机关可报请上级批准延长，但需在期限届满前完成审批并书面通知当事人。
建议：当事人可要求行政机关或法院出具延长期限的书面依据，若未依法延长，可主张程序违法。
若案件无合法延长事由但超期
- 诉讼案件：根据《行政诉讼法》第74条，若法院超期未作出判决且无合法延长事由，当事人可申请上级法院指令其限期审理，或以“程序违法”为由提起上诉或再审，要求撤销原判决并重新审理；
- 行政处罚案件：根据《行政处罚法》第76条，行政机关超期未作出处罚决定的，当事人可向其上级机关或同级政府申请行政复议，要求确认程序违法并撤销未依法作出的处罚；若已作出处罚，可主张程序违法并请求撤销。
建议：当事人应保留超期证据（如立案通知书、催办记录等），并通过书面形式向行政机关或法院提出异议，必要时可提起复议或诉讼。
若案件因当事人原因导致超期
若因当事人未及时提交材料、未配合调查等自身原因导致案件超期，行政机关或法院可能不承担责任。例如：
- 诉讼中当事人申请延期举证、回避等导致程序中断；
- 行政处罚中当事人拒不配合调查、逃避送达等。
建议：当事人应积极履行配合义务，避免因自身原因导致程序延误；若已超期，可主动与行政机关或法院沟通，说明情况并请求加快处理。
行动建议：
- 核实案件类型（诉讼/行政处罚）及具体超期原因；
- 要求行政机关或法院出具期限延长或中断的书面依据；
- 根据超期情形，选择申请复议、提起诉讼或向上级反映程序违法；
- 保留所有沟通记录、书面材料作为证据。
如有进一步疑问，可直接向我咨询具体案件细节。