代缴税款是否合法，这主要取决于代缴的主体以及代缴的方式是否符合相关法律法规的规定。

首先，我们需要明确“代缴税款”通常涉及的是“代扣代缴”这一概念。根据《国家税务总局财政部中国人民银行关于进一步加强代扣代收代征税款手续费管理的通知》以及相关税法规定，代扣代缴是指税收法律、行政法规已经明确规定负有扣缴义务的单位和个人，在支付款项时，代税务机关从支付给负有纳税义务的单位和个人的收入中扣留，并向税务机关解缴的行为。这意味着，只有法律、行政法规明确规定的扣缴义务人，才有权进行代扣代缴，并且必须按照规定的程序和要求进行。

对于MCN机构等特定主体，如果它们与网络主播等存在经济往来，并且根据税法规定负有代扣代缴义务，那么它们代缴税款的行为就是合法的。然而，如果MCN机构等主体通过拆分收入、虚构业务、设立空壳公司等手段，帮助主播逃避纳税义务，甚至自身也通过虚开发票抵扣税费，那么这些行为就是违法的，不仅会被税务部门依法查处，还会受到相应的法律制裁。

此外，我们还需要注意到，代缴税款不仅仅是MCN机构等主体的责任，也是每一位纳税人的义务。网络主播等高收入群体应该依法诚信纳税，不得隐匿收入或采取其他手段逃避纳税义务。税务部门也会持续对偷逃税行为进行依法查处，并曝光典型案件，以警示违法者并保护守法经营者的权益。

综上所述，代缴税款本身并不违法，但必须由法律、行政法规明确规定的扣缴义务人按照规定的程序和要求进行。对于任何试图通过非法手段逃避纳税义务的行为，税务部门都将依法进行查处。因此，无论是MCN机构还是网络主播等纳税人，都应该严格遵守税法规定，依法履行纳税义务。