结论：职务侵占5000元一般不能作为刑事案件立案，但单位仍可通过其他合法途径维护自身权益。

详细分析：

1. 刑事立案标准及法律依据：

   • 根据《中华人民共和国刑法》第二百七十一条第一款的规定，职务侵占罪是指公司、企业或者其他单位的工作人员，利用职务上的便利，将本单位财物非法占为己有，且数额较大的行为。这里的“数额较大”是构成职务侵占罪的必要条件。
   • 根据相关司法解释，职务侵占罪的“数额较大”起点通常设定为较高的金额，如6万元（具体标准可能因地区而异，但普遍较高）。因此，职务侵占5000元显然未达到这一立案标准，不构成职务侵占罪，通常不会作为刑事案件立案处理。

2. 其他可能的法律后果：

   • 民事责任：尽管职务侵占5000元不构成刑事犯罪，但该行为仍属于民事侵权行为。被侵占的单位有权要求行为人返还侵占的财物，并有权在因该侵占行为造成其他损失时要求行为人赔偿损失。单位可以通过提起民事诉讼的方式来维护自身的合法权益。
   • 治安管理处罚：依据《中华人民共和国治安管理处罚法》第四十九条，对于盗窃、诈骗、哄抢、抢夺、敲诈勒索或故意损毁公私财物的行为，可处五日以上十日以下拘留，并可并处五百元以下罚款；情节较重的，处十日以上十五日以下拘留，并可并处一千元以下罚款。职务侵占5000元的行为，若被认定为具有类似性质，可依据此条款进行治安处罚。
   • 内部纪律处分：对于不构成犯罪的轻微职务侵占行为，单位还可以依据内部规章制度对行为人进行纪律处分，如警告、罚款、降职、解雇等，以维护正常的经营管理秩序和员工的职业操守。

3. 单位应采取的措施：

   • 加强内部管理：单位应建立健全的财务制度和监督机制，确保员工无法轻易侵占单位财物。同时，加强员工培训，提高员工的法律意识和职业道德水平，预防类似事件的发生。
   • 及时调查处理：一旦发现职务侵占行为，无论金额大小，单位都应立即进行调查处理。根据情节轻重给予相应的纪律处分或采取民事法律手段维护权益。若行为涉嫌治安违法或刑事犯罪，应及时向公安机关报案。

总结与建议：

• 职务侵占5000元虽不足以立案为刑事案件，但单位仍应高度重视此类行为，及时采取措施予以防范和纠正。
• 单位应通过加强内部管理、完善监督机制、提高员工法律意识等措施，预防职务侵占行为的发生。
• 一旦发现职务侵占行为，单位应根据情节轻重选择合适的处理方式，包括内部纪律处分、民事诉讼或向公安机关报案等。

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