结论前置：若您的车辆明明停在车库却收到违停短信，不必过于惊慌，这可能是系统误报、信息录入错误或存在其他特殊情况。您可以通过以下步骤来核实情况并维护自己的合法权益。
一、核实短信真实性及初步判断
确认短信来源：首先，要确认违停短信的来源是否真实可靠。正规交通违法通知短信通常包含明确的交警部门标识和联系方式，您可以通过拨打短信中提供的电话或访问官方网站来验证其真实性。
考虑误报原因：
二、及时收集证据
车辆位置证据：立即拍摄清晰的车辆在车库内的照片或视频，确保照片能显示车辆全貌、车牌号以及车库的相关特征（如车库门、编号、周边标志性物品等）。这些证据将有助于证明您的车辆当时确实停在车库内。
时间证据：记录拍摄时间，确保与违停短信通知的时间相匹配。如果您的设备自动记录时间，则无需额外说明；否则，可以在拍摄时清晰报出当前时间，或者使用其他方式记录时间（如手机截图显示时间）。
三、联系交警部门与管理方
沟通说明情况：尽快拨打短信上提供的交警部门联系电话，或前往当地交通管理部门的违法处理窗口，向工作人员说明实际情况，并表明车辆当时停在车库内。
提交证据：将收集好的照片、视频等证据提供给交警部门，以便他们核实情况。同时，也可以考虑将情况告知车库管理方，询问是否存在管理上的疏漏或误解，并要求其协助提供相关证据（如车库入口的监控录像）。
现场检查：如果可能，回到车库现场检查是否有违停标志或监控摄像头，以进一步了解自己的停车情况是否合规，并确认是否有其他车辆与您的车辆相似或存在套牌情况。
四、等待并跟进调查结果
调查流程：交警部门会根据您提供的证据展开调查，包括查看监控录像、核对执法记录等，以确定是否存在信息错误或违法行为。
结果反馈：耐心等待交警部门的调查结果。如果经调查确认是误发信息，他们会及时撤销该违停记录，并向您作出解释和道歉。
持续跟进：如果长时间未收到反馈或结果不满意，可以主动联系交警部门了解进展或提出异议，并要求他们给出明确的答复和处理意见。
五、异议处理方式
行政复议：如果交警部门的初步调查结果未能支持您的诉求，您可以在规定时间内（一般是自知道该具体行政行为之日起六十日内）向上一级公安机关交通管理部门或者本级人民政府提出行政复议申请，要求重新审查并作出决定。
行政诉讼：若行政复议结果仍不能令您满意，您还可以在收到复议决定书之日起十五日内向有管辖权的人民法院提起行政诉讼，通过法律途径维护自己的合法权益。在诉讼过程中，您需要提供充分的证据来证明自己的主张。
六、特殊情况处理
车库问题：如果发现是车库管理方的问题（如误报、标志不清等），可以与车库管理方协商解决，并要求其采取措施避免类似情况再次发生。如果协商无果，可以考虑向相关部门投诉或寻求法律援助。
确实违停：如果经过核实，发现车辆确实存在违停行为（尽管您认为当时停在车库内，但可能因车库管理规定、停车位置不当等原因被认定为违停），则应按规定接受处罚，并吸取教训，遵守交通规则和车库管理规定。
温馨提示：在处理此类问题时，请保持冷静和理性，积极配合交警部门的工作，并提供充分的证据来支持自己的主张。如果您需要进一步的法律帮助或咨询，可以直接向我提问，我会尽力为您提供专业的法律意见和支持。