民营医院科室合作的合法性需根据具体情况及法律法规进行综合判断，并非一概而论。以下从不同角度为您详细分析：

一、合法的情况

1. 符合法律法规及公序良俗：

   • 若民营医院科室合作满足以下条件，则可能合法有效：
     • 行为人具有相应的民事行为能力：合作双方均具备完全民事行为能力，能理解和承担合作权利义务。
     • 意思表示真实：合作是双方真实意愿的表达，无欺诈、胁迫等情形。
     • 不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗：合作内容合法合规，符合社会公共道德和良好秩序。例如，医院将非诊疗核心业务科室（如洗衣房、食堂等）进行合作，且遵循合法招投标程序，合作条款公平合理，不损害各方权益和公共利益，则该合作可能是有效的。

2. 特定情境下的合法性：

   • 在某些特定情境下，如医院与具备医疗资质的机构或个人进行科室合作，且合作内容不涉及医疗核心业务，或者合作方式符合相关法律法规的规定，也可能被认定为合法。

二、违法的情况

1. 违反法律法规强制性规定：

   • 根据相关医疗卫生法律法规，医疗机构应严格按照核准的诊疗科目开展活动，不得将科室或房屋承包、出租给非本机构人员或其他机构以本机构名义进行诊疗。此类行为因违反《中华人民共和国民法典》第一百五十三条中“违反法律、行政法规的强制性规定的民事法律行为无效”的规定，合作通常被认定无效。
   • 实例说明：若民营医院将皮肤科承包给个人并以医院名义对外诊疗，该合作因违法而无效。

2. 损害公共利益：

   • 医疗服务关乎社会公共利益，若合作导致服务质量下降、医疗安全无法保障，进而损害患者利益和社会公共利益，依据《中华人民共和国民法典》第一百五十三条“违背公序良俗的民事法律行为无效”的规定，合作同样会被认定无效。
   • 实例说明：合作方为追求经济利益使用不合格医疗耗材，严重影响患者健康和安全，此合作因损害公共利益而无效。

3. 其他违法情形：

   • 合作主体无民事行为能力或限制民事行为能力。
   • 合作双方恶意串通，损害他人合法权益。
   • 合作基于虚假意愿达成。

三、法律后果

若民营医院科室合作被认定违法无效，可能面临以下法律后果：

1. 返还财产：合作双方因合作取得的财产应予以返还。例如，若合作方已支付合作费用，医院应返还该费用；若合作方购置了设备等财产投入科室运营，有权要求取回。

2. 赔偿损失：有过错的一方应赔偿对方因此受到的损失。在民营医院科室合作中，通常医院和合作方都有过错，应根据各自过错大小分担损失。例如，若因合作无效导致患者索赔，医院承担责任后可向合作方追偿。

3. 收缴财产（特殊情况）：若合作履行严重损害国家利益或社会公共利益，且双方存在恶意串通，人民法院可收缴双方已取得或约定取得的财产，上缴国库。此情况较为罕见，需严格符合法定条件。

四、建议

1. 仔细审查合作条款：在签订民营医院科室合作合同时，双方应仔细审查合作条款，确保内容合法合规，并明确双方权利义务。

2. 咨询专业律师：对于涉及重大利益或复杂条款的合作合同，建议向我咨询，我会根据合同具体内容、双方行为及法律法规进行综合判断，以确保合作效力的准确认定及后续处理措施的合法性、合理性。

3. 关注法律法规更新：密切关注相关法律法规的更新和变化，以确保合作的合法性和有效性。

综上所述，民营医院科室合作的合法性需结合具体情况及法律法规进行综合判断。在实际操作中，应严格遵守法律法规，确保合作内容的合法性和合规性，以维护各方当事人的合法权益和社会公共利益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。