医院科室合作共建的合法性需根据具体情况及法律法规综合判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：

合法性基础与条件

1. 符合法律法规：医院科室合作共建若符合国家医疗卫生法律法规、政策以及行业规范，且经过相关卫生行政部门的批准或备案，通常是合法的。例如，合作共建可能涉及医疗资源的整合、技术交流、人才培养等方面，这些在符合规定的前提下是鼓励和支持的。

2. 明确合作内容与方式：合作共建应明确双方的权利义务、合作内容、合作方式、收益分配等关键条款，并签订书面合作协议。这有助于保障双方的合法权益，避免潜在的法律纠纷。

潜在法律风险与不合规情形

1. 未经批准或备案：若医院科室合作共建未经过相关卫生行政部门的批准或备案，可能构成非法行医或违规经营，面临行政处罚甚至刑事责任。

2. 违反医疗管理规定：合作共建过程中，若违反医疗管理规定，如超范围执业、使用非卫生技术人员从事医疗卫生技术工作等，同样可能面临法律制裁。

3. 利益输送与腐败：合作共建中若存在利益输送、商业贿赂等腐败行为，不仅违反法律法规，还损害医疗行业的公信力和患者利益。

合法性判断的具体步骤

1. 审查合作协议：首先审查合作协议是否合法有效，是否明确双方的权利义务、合作内容与方式等关键条款。

2. 核实批准或备案情况：向相关卫生行政部门核实合作共建是否经过批准或备案，确保合作行为的合法性。

3. 评估合作内容与方式：评估合作内容与方式是否符合医疗卫生法律法规、政策以及行业规范，是否存在超范围执业、使用非卫生技术人员等违规行为。

法律建议

1. 加强合规管理：医院在科室合作共建过程中，应加强合规管理，确保合作行为符合法律法规和政策要求。

2. 完善合作协议：签订书面合作协议，明确双方的权利义务、合作内容与方式、收益分配等关键条款，以保障双方的合法权益。

3. 及时咨询与报备：在合作共建过程中，如遇到法律问题或不确定事项，应及时咨询专业律师或相关卫生行政部门，确保合作行为的合法性和合规性。同时，按照相关规定及时报备合作情况。

若您对医院科室合作共建的合法性有具体疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。我将根据您的具体情况和需求，提供专业、全面的法律意见和解决方案。