在价格违法案件中，罚款基数通常不扣除已清退部分的多收价款。以下是对这一问题的详细分析：
一、法律原则与规定
在处理价格违法案件时，相关法律法规通常规定，罚款的计算是基于违法行为的性质、情节以及违法所得的金额等因素。已清退的多收价款，虽然表明了违法者有一定的改正行为，但这并不改变其之前违法行为的性质和已经取得的违法所得。因此，从法律原则和规定出发，罚款基数一般不扣除已清退部分的多收价款。
二、罚款的目的与意义
罚款作为价格违法案件中的一种行政处罚方式，其主要目的在于惩罚违法行为、维护市场秩序和保护消费者权益。如果允许扣除已清退部分的多收价款作为罚款基数，那么可能会削弱罚款的惩罚性和威慑力，不利于维护市场秩序和保护消费者权益。
三、实际操作中的考虑
在实际操作中，虽然罚款基数通常不扣除已清退部分的多收价款，但执法机关在作出罚款决定时，会综合考虑违法者的改正情况、违法行为的严重程度以及社会影响等因素。如果违法者能够积极配合调查、主动清退多收价款并采取措施防止类似行为再次发生，执法机关可能会在罚款幅度上给予一定的考虑，但这并不意味着罚款基数会扣除已清退部分的多收价款。
四、特殊情况的处理
当然，也存在一些特殊情况，比如违法者确实因为经济困难等原因无法一次性清退全部多收价款，但已经采取了分期清退等积极措施。在这种情况下，执法机关可能会根据具体情况，在罚款决定中作出一定的灵活处理。然而，这种处理并不改变罚款基数不扣除已清退部分多收价款的基本原则。
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