结论：劳动者“自离”后，仍有权获得其实际工作期间的工资，用人单位以“自离”为由拒绝支付工资的行为通常是不合法的。但具体支付情况可能受劳动合同、公司规章制度及法律法规的影响，以下是对此问题的详细分析：
一、工资支付原则
法律规定：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。
- 《工资支付暂行规定》第九条也明确规定，劳动关系双方依法解除或终止劳动合同时，用人单位应在解除或终止劳动合同时一次付清劳动者工资。
原则解析：
- 这两条法律规定确立了工资支付的基本原则，即无论劳动者是何种离职方式，只要其提供了劳动，用人单位就应当支付相应的工资。
- “自离”并不改变劳动者已经付出劳动的事实，因此用人单位不能以此为由拒绝支付工资。
二、特殊情况处理
给单位造成损失：
- 若劳动者“自离”行为给用人单位造成了实际经济损失，如未办理工作交接导致项目延误、损坏公司财物等，用人单位可以要求劳动者进行赔偿。
- 但赔偿金额应从劳动者工资中扣除时，需遵守相关法律规定，即每月扣除部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地月最低工资标准。
单位有合法制度约束：
- 若用人单位拥有完善且合法的规章制度，并明确规定了“自离”相关的处理方式（如扣除部分工资作为违约金等），且该制度经过民主程序制定并已向劳动者公示，那么在不违反法律法规强制性规定的情况下，单位可依据制度进行相应处理。
- 但需注意：即使有这样的制度，也不能完全剥夺劳动者获得实际工作期间工资的权利。制度中的相关规定应合理且合法，不能违反《劳动法》和《工资支付暂行规定》等法律法规的基本原则。
三、劳动合同与公司规定的重要性
劳动合同：
- 劳动者在入职时应与用人单位签订劳动合同，并仔细阅读其中关于工资支付、离职处理等条款。
- 若劳动合同中明确规定了“自离”后工资支付的相关事宜，且该规定不违反法律法规的强制性规定，那么双方应按照合同约定执行。
公司规定：
- 用人单位的公司规定也应遵守相关法律法规，不得侵犯劳动者的合法权益。
- 若公司规定与法律法规相冲突，以法律法规为准。
四、权益维护途径
协商：
- 若劳动者认为自己的权益受到了侵害，如用人单位以“自离”为由拒绝支付工资，可先与用人单位协商解决。
投诉与仲裁：
- 协商不成时，劳动者可向当地的劳动监察部门投诉举报，由劳动监察部门责令用人单位限期支付工资。
- 劳动者也可以直接向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，对仲裁结果不服的，还可以向人民法院提起诉讼。
五、实例说明
假设某员工在公司工作了一段时间后自动离职，期间按公司要求完成了工作任务。若公司以该员工“自离”为由拒绝支付其工作期间的工资，该员工可以：
- 与公司协商：明确指出相关法律规定，要求公司支付应得工资。
- 向劳动监察部门投诉：若协商无果，可向当地劳动监察部门投诉，由劳动监察部门介入调查并责令公司支付工资。
- 申请仲裁或诉讼：若对劳动监察部门的处理结果不满，或公司仍拒绝支付工资，该员工可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，或直接向人民法院提起诉讼。
总结：“自离”并非意味着劳动者就失去了获得实际工作期间工资的权利。在处理此类问题时，应综合考虑法律法规、劳动合同及公司规章制度的规定，确保劳动者的合法权益得到保障。若遇到用人单位以“自离”为由拒绝支付工资的情况，劳动者应积极维护自己的权益，通过合法途径解决问题。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。