员工的工资主要由与其建立劳动关系的用人单位发放。这是基于《劳动法》等相关法律法规的明确规定，旨在保障员工的合法权益，确保员工能够按时足额收到应得的劳动报酬。以下是从不同角度对这一问题的详细分析：
一、常规情况下的工资发放
企业：作为用人单位，企业需按照与员工签订的劳动合同约定支付工资。企业通常会制定明确的工资支付制度，包括工资的计算方式、支付时间、支付形式等。例如，多数企业会选择每月固定日期通过银行转账方式将工资发放至员工工资卡中。
个体经济组织：如个体工商户，在雇佣员工时，同样需承担工资发放责任。支付方式可能因经营状况而异，但通常包括现金、银行转账等方式。
民办非企业单位：如民办学校、民办医院、民办科研机构等，也需按照规定向员工发放工资。工资的计算方式及支付周期可能依据单位性质及员工工作内容有所不同。
二、特殊情形下的工资发放
劳务派遣：在劳务派遣关系中，涉及三方主体（劳务派遣单位、用工单位、被派遣劳动者）。劳务派遣单位作为用人单位，与被派遣劳动者签订劳动合同并承担工资支付责任。用工单位则根据与劳务派遣单位的协议支付相关费用。例如，工厂通过劳务派遣公司招聘工人，工资由工厂支付给劳务派遣公司，再由后者发放给工人。
用人单位合并、分立：当用人单位发生合并或分立时，原劳动合同继续有效，由承继其权利和义务的用人单位履行，并承担工资发放责任。如A公司与B公司合并为C公司，A公司原员工的工资将由C公司负责发放。
用人单位被承包：若承包人具备用工主体资格，则自行承担工资发放责任；若不具备，则由发包组织与承包人承担连带支付责任。例如，建筑公司将工程发包给不具备用工主体资格的包工头，若包工头拖欠工人工资，建筑公司需与包工头共同承担连带责任。
三、法律建议与注意事项
了解工资发放主体：员工应明确自己的工资是由哪个单位或个人发放的，以便在遇到工资问题时能够准确追讨。
签订劳动合同时仔细阅读条款：员工在签订劳动合同时，应仔细阅读工资支付相关条款，明确工资的计算方式、支付时间、支付形式等，以避免后续纠纷。
保留相关证据：员工应保留好工资条、银行转账记录等证据，以便在需要时证明自己的工资收入情况。
及时维权：如果用人单位存在拖欠工资等违法行为，员工有权向劳动监察部门投诉举报，以维护自己的合法权益。劳动监察部门将依法对用人单位的违法行为进行调查处理。
综上所述，员工的工资发放主体及责任可能因具体情况而有所不同。在遇到工资问题时，员工应首先明确工资发放主体，并依据相关法律法规维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。