协议工资制的制定部门并非由某一特定政府部门统一规定，而是通常由用人单位与劳动者在劳动合同中协商确定。以下是对这一问题的详细分析：

1. 协议工资制的本质：

   • 协议工资制，顾名思义，是基于用人单位与劳动者之间的协商而确定的工资制度。它不同于传统的由政府或行业统一规定的工资标准，而是更加灵活，能够根据用人单位的实际情况和劳动者的个人能力、贡献等因素进行个性化设定。

2. 制定过程中的主体：

   • 在协议工资制的制定过程中，用人单位和劳动者是平等的协商主体。用人单位可以根据自身的经营状况、市场行情以及劳动者的岗位价值、技能水平等因素提出工资方案；劳动者则可以根据自己的期望、市场薪资水平以及个人发展需求等因素进行回应和协商。
   • 双方通过协商达成一致后，将工资条款写入劳动合同中，从而确立协议工资制。

3. 政府部门的作用：

   • 虽然协议工资制的具体制定不是由政府部门直接完成的，但政府部门在工资制度的制定和执行过程中仍然发挥着重要的监管作用。例如，政府部门会制定最低工资标准、工资支付规定等法律法规，以保障劳动者的基本权益；同时，政府部门也会对用人单位的工资支付情况进行监督检查，确保用人单位遵守相关法律法规。

4. 实际操作中的注意事项：

   • 在实际操作中，用人单位和劳动者在协商协议工资制时，应当遵循公平、合理、自愿的原则，确保工资条款的合法性和有效性。
   • 双方应当充分了解市场行情和法律法规，避免因为信息不对称或法律意识淡薄而导致纠纷或违法行为的发生。
   • 如果双方在协商过程中出现分歧或争议，可以通过协商、调解、仲裁或诉讼等途径解决。

建议：对于用人单位和劳动者而言，在协商协议工资制时，建议咨询专业的法律人士或人力资源专家，以确保工资条款的合法性和合理性。同时，双方也应当保持沟通畅通，及时解决可能出现的问题和分歧。如果有任何关于协议工资制或其他劳动工伤、工资福利方面的问题，都可以直接向我咨询。