当员工旷工给公司造成损失时，公司需要采取一系列合法、合理且有效的措施来应对。以下是一个详细的处理流程和建议：

一、法律依据与制度基础

首先，公司应依据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，以及公司内部的劳动合同和规章制度来处理此类问题。劳动合同中应明确旷工的定义、处罚条款以及损失赔偿的相关内容。同时，公司规章制度应详细规定旷工的处理程序、损失赔偿的计算方法和上限等，并确保这些制度已经通过民主程序制定并向员工公示。

二、事实调查与证据收集

在处理旷工事件时，公司需要进行全面的事实调查，收集相关证据。这包括但不限于考勤记录、监控视频、部门负责人的陈述、客户索赔函、合同文件以及生产记录等。这些证据将用于证明旷工的事实以及旷工给公司造成的具体损失。

三、损失评估与赔偿方案

公司需要准确评估旷工给公司造成的直接经济损失（如生产中断、产品交付延迟等）和间接损失（如客户流失、品牌声誉受损等）。在评估损失后，公司应与员工进行沟通，说明旷工事实、损失情况以及赔偿责任。根据员工的经济状况和损失大小，公司可以协商合理的赔偿方式和期限。赔偿可以从员工的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地月最低工资标准。

四、沟通协商与法律处理

在处理过程中，公司应保持与员工的良好沟通，听取员工的解释和意见。如果员工拒绝协商或对赔偿责任有争议，公司可以通过劳动仲裁或诉讼来解决。在提起劳动仲裁或诉讼前，公司应确保已经收集了充分的证据来支持自己的主张。

对于严重旷工行为，如果符合《劳动合同法》第三十九条规定的情形（如严重违反用人单位的规章制度），公司可以依法解除劳动合同。在解除劳动合同前，公司应完成书面催告返岗、听取员工申辩、工会意见征询等程序，并确保正式通知送达员工。

五、其他辅助措施与预防机制

除了上述措施外，公司还可以采取一些辅助措施来应对旷工问题。例如，向旷工员工发送回归岗位紧急通知函，要求其说明旷工原因；根据旷工时长制定处罚等级体系，从警告到解聘，确保处罚公正合理；将到岗状况纳入绩效和奖金考核范围，对缺勤引起的损失进行相应扣除。

为了预防旷工问题的发生，公司还可以建立长效预防机制。这包括开展“责任意识”主题培训，强化员工的规则认知；设立全勤奖、年度出勤标兵等正向激励奖项；实施电子化考勤系统，设置异常缺勤自动预警功能；以及建立“家庭-企业”联动机制，对长期旷工者进行家访了解根源问题。

六、注意事项

在整个处理过程中，公司应妥善保留所有相关证据，以确保合法权益得到维护。同时，公司应确保所有处理措施都符合劳动法律法规的规定，避免因程序违法而面临法律风险。

综上所述，公司在处理员工旷工给公司造成损失的问题时，应综合考虑法律规定、规章制度、证据收集、沟通协商及法律处理等多个方面，确保处理措施的合法性、合理性和有效性。