企业往来询证函一般不建议不回复，以下从几个方面为您详细解释：

一、询证函的法律性质与作用

企业询证函是企业为核实往来款项的真实性而寄送往来单位的核对函件，它载明了截至某一时间节点两公司的往来数据。在法律上，询证函一定程度上可为双方财务对账所用，若对方确认发出方记载的信息，那么询证函就具备了对账功能（仅限于财务层面），属于双方一致确认的内容。因此，回复询证函是对双方财务往来的一种确认，有助于维护良好的商业关系和财务记录的准确性。

二、不回复询证函可能带来的后果

1. 影响证据完整性：询证函的发出方通常要求交易对手进行复函，只有对方作出了回复才是一份完整的询证函。若不回复，可能导致询证函在法律上不被视为完整的证据，进而影响其在未来可能出现的法律纠纷中的证明效力。

2. 引发不必要的法律纠纷：如果询证函中记载的往来款项存在争议，不回复可能导致对方误解或产生不必要的法律纠纷。例如，对方可能认为你方默认了询证函中的款项，进而采取进一步的法律行动。

3. 影响商业信誉：及时回复询证函是商业合作中的基本礼仪和诚信表现。不回复可能给对方留下不专业、不诚信的印象，进而影响未来的商业合作机会。

三、回复询证函的建议

1. 认真核对信息：在收到询证函后，应认真核对其中记载的往来款项信息，确保准确无误。

2. 及时回复：若核对无误，应及时回复确认；若存在争议或疑问，也应及时与对方沟通并说明情况，避免产生不必要的误解。

3. 保留回复证据：回复询证函时，建议通过书面形式（如邮件、传真等）进行，并保留好回复的证据，以备未来可能出现的法律纠纷之需。

四、特殊情况处理

如果确实存在无法回复询证函的特殊情况（如公司走逃失联、相关人员无法联系等），建议及时与对方沟通并说明情况，同时寻求法律专业人士的帮助，以避免可能带来的法律风险。

综上所述，企业往来询证函一般不建议不回复。及时、准确地回复询证函有助于维护良好的商业关系、确保财务记录的准确性，并避免不必要的法律纠纷。