《协议出让国有土地使用权规定》并未废止，但需注意其适用范围和最新政策调整。以下是对此问题的详细分析：

1. 法规现状：

   • 《协议出让国有土地使用权规定》是由国土资源部（现自然资源部）发布的部门规章，旨在规范国有土地使用权的协议出让行为。目前，该规定并未被正式废止，仍在部分情形下适用。

2. 适用范围的变化：

   • 根据《招标拍卖挂牌出让国有建设用地使用权规定》（国土资源部令第39号）及后续政策，工业、商业、旅游、娱乐和商品住宅等经营性用地，以及同一宗地有两个以上意向用地者的，必须以招标、拍卖或者挂牌方式出让，不得协议出让。
   • 协议出让主要适用于以下情形：
     • 供应工业、商业、旅游、娱乐和商品住宅等各类经营性用地以外用途的土地，其供地计划公布后同一宗地只有一个意向用地者的；
     • 原划拨、承租土地使用权人申请办理协议出让，经依法批准，可以采取协议方式，但《国有土地划拨决定书》、《国有土地租赁合同》、法律、法规、行政规定等明确应当收回土地使用权重新公开出让的除外；
     • 划拨土地使用权转让申请办理协议出让，经依法批准，可以采取协议方式，但《国有土地划拨决定书》、法律、法规、行政规定等明确应当收回土地使用权重新公开出让的除外；
     • 出让土地使用权人申请续期，经审查准予续期的，可以采用协议方式；
     • 法律、法规、行政规定明确可以协议出让的其他情形。

3. 政策趋势：

   • 随着土地市场改革的深入，协议出让的范围逐渐缩小，招标、拍卖、挂牌出让成为主流方式，以体现公开、公平、公正的原则，防止土地出让过程中的腐败和暗箱操作。

4. 法律建议：

   • 如果您涉及国有土地使用权的出让或转让，建议首先明确土地用途和出让方式，以确定是否适用协议出让。
   • 对于符合协议出让条件的土地，应严格按照《协议出让国有土地使用权规定》及其他相关法律法规的规定办理手续，确保合法合规。
   • 由于土地政策可能随时间调整，建议在具体操作前咨询当地自然资源部门或专业律师，以获取最新政策和法律指导。

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