在合同纠纷中，如果与项目部签订了合同，被告的确定需根据项目部的法律地位及合同的具体情况来判断，以下分情况说明：
项目部具备独立法人资格或经合法授权：
- 若项目部是依法设立并领取营业执照的分支机构，或者虽未领取营业执照但经总公司明确授权以项目部名义对外签订合同，那么项目部在合同中的行为应视为其自身行为或总公司授权行为。在此情况下，若发生合同纠纷，项目部或总公司（或两者共同）可能成为被告，具体取决于合同相对方的主张及项目部的实际法律地位。若项目部有独立财产，可独立承担民事责任，则项目部可作为被告；若项目部无独立财产或财产不足以承担责任，则总公司可能需承担补充责任或连带责任。
项目部不具备独立法人资格且未经合法授权：
- 若项目部未依法设立，未领取营业执照，且未经总公司明确授权以项目部名义对外签订合同，那么项目部在合同中的行为应视为无权代理或表见代理行为。在此情况下，若发生合同纠纷，总公司通常应作为被告，因为项目部本身不具备法律主体资格，其民事责任应由设立它的总公司承担。然而，如果合同相对方有理由相信项目部有代理权（如表见代理情形），且合同相对方善意无过失，那么总公司仍需承担合同责任，但可向无权代理的项目部负责人追偿。
特殊情况下的被告确定：
- 在某些特殊情况下，如项目部负责人以个人名义签订合同但声称代表项目部，或项目部与合同相对方存在恶意串通等情形，被告的确定可能更为复杂。此时，需根据具体案情，结合合同签订过程、双方交易习惯、行业惯例等因素，综合判断合同责任主体。
法律建议：
- 在签订合同时，务必核实项目部的法律地位及授权情况，要求项目部提供相关证明文件（如营业执照、授权委托书等），以确保合同的有效性及可执行性。
- 若发生合同纠纷，建议及时收集并保存相关证据（如合同文本、往来函件、付款凭证等），以便在诉讼或仲裁中维护自身权益。
- 鉴于合同纠纷的复杂性及专业性，建议在处理此类纠纷时咨询专业律师，以获取更具体、更专业的法律建议及帮助。
可能面临的法律后果：
- 若被告确定不当，可能导致诉讼或仲裁程序受阻，甚至面临败诉风险。
- 若项目部或总公司被错误地列为被告，可能给其带来不必要的法律纠纷及经济损失。
因此，在合同纠纷中，正确确定被告是维护自身权益的关键一步。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。