理事长辞职的程序通常涉及多个步骤，并且可能因组织类型（如民办非企业单位、事业单位等）和具体章程规定而有所不同。以下是一个基于一般情况和您提供的信息的详细解答：

一、理事长辞职的基本程序

1. 提交书面辞职报告：

   • 理事长应向理事会递交书面辞职报告，明确表达辞职意愿和辞职原因。

2. 理事会审议与表决：

   • 理事会收到辞职报告后，应召开会议进行审议。
   • 会议需按照章程规定的程序进行，确保所有理事都有机会发表意见。
   • 理事会需对辞职报告进行表决，通常需要达到一定的通过比例（如半数以上或三分之二以上）才能批准辞职。

3. 办理相关手续：

   • 一旦辞职获得批准，理事长需按照章程和理事会的要求，办理相关交接手续，如移交工作资料、财务账目等。
   • 如果理事长同时是单位的法定代表人，还需要按照相关法律法规的规定，办理法定代表人变更登记手续。

二、针对民办非企业单位的特殊程序

如果理事长辞职的单位是民办非企业单位，并且理事长同时是单位的法定代表人，那么除了上述基本程序外，还需要遵循《民办非企业单位登记管理暂行条例》的相关规定：

1. 业务主管单位审查同意：

   • 民办非企业单位在变更法定代表人前，需经业务主管单位审查同意。

2. 离任审计报告：

   • 理事长（即原法定代表人）需接受离任审计，由会计师事务所出具离任审计报告。

3. 提交变更登记申请：

   • 民办非企业单位需在理事会会议作出变更决议之日起30日内，向登记管理机关申请变更登记。
   • 提交的材料包括：业务主管单位审查同意的文件、离任审计报告、整改方案（如审计发现问题）、民办非企业单位法人登记证书正副本原件等。

4. 网上填报与预审：

   • 民办非企业单位需在中国社会组织公共服务平台网上办事大厅填报申请材料，并进行网上预审。

5. 受理、审查与决定：

   • 登记管理机关对提交的材料进行受理、审查，并在法定期限内作出行政许可决定。
   • 准予变更的，发给法定代表人变更通知书；不予登记的，应向申请人说明理由。

三、注意事项

1. 遵循章程规定：

   • 理事长辞职的具体程序应严格遵循所在单位的章程规定。

2. 及时沟通与协调：

   • 在辞职过程中，理事长应与理事会、业务主管单位和登记管理机关保持及时沟通与协调，确保辞职程序的顺利进行。

3. 保护单位利益：

   • 理事长在辞职前应确保单位的利益不受损害，如妥善处理未了结的事务、移交工作资料等。

希望以上解答能对您有所帮助。如果您在辞职过程中遇到任何问题或需要进一步的帮助，请随时咨询相关机构或专业人士。