针对“对于迟到的员工怎么处理”这一问题，这确实是一个企业在日常管理中常见且需要细致处理的情况。以下是我根据相关法律法规和实际管理实践，给出的详细解答：
首先，要明确的是，企业有权通过规章制度对员工的迟到行为进行管理，但管理方式必须合法、合理且善意。迟到作为违反劳动纪律的行为，企业可以采取一定的惩戒措施，但这些措施不能超出法律允许的范围，也不能违背公平、公正的原则。
合法性方面
规章制度需合法：企业的考勤制度、奖惩制度等必须符合国家法律法规的规定，不能与法律相抵触。例如，不能随意设定高额罚款，或者将迟到与解雇等严重后果直接挂钩而不给予改正机会。
罚款额度需合理：根据《工资支付暂行规定》及相关法律法规，企业因员工迟到而扣除的工资部分，应当与员工迟到所造成的实际损失相适应，且不得超过员工当月工资的20%（在因员工本人原因给企业造成经济损失的情况下）。对于单纯的迟到行为，扣除的工资更应合理，不能超出员工正常日薪的范畴。
合理性方面
区分迟到情节：企业应根据员工迟到的频率、时长、原因等因素，区分不同的迟到情节，并采取相应的处理措施。例如，对于偶尔迟到且时间较短的员工，可以给予口头警告或轻微罚款；对于频繁迟到或迟到时间较长的员工，则可以采取更严厉的措施，如扣除更多工资、记过、降职等。
提供改正机会：企业在处理迟到员工时，应给予员工改正的机会。例如，可以设定一个观察期，在观察期内员工如果表现良好，则可以减轻或免除之前的处罚。
善意性方面
加强沟通教育：企业在处理迟到员工时，应注重与员工的沟通教育，了解员工迟到的原因，帮助员工认识到迟到行为的危害性，并鼓励员工改正。
关注员工需求：企业应关注员工的工作和生活需求，尽可能为员工提供便利和支持，减少员工迟到的可能性。例如，可以优化工作流程、提供灵活的工作时间安排等。
具体处理措施示例
轻微迟到：对于偶尔迟到且时间较短的员工，可以给予口头警告或轻微罚款（如扣除当天部分工资或一定金额的罚款）。
频繁迟到：对于频繁迟到的员工，可以采取更严厉的措施，如扣除更多工资、记过、降职等。同时，应加强与员工的沟通教育，了解员工迟到的原因，并帮助员工制定改正计划。
严重迟到或旷工：对于严重迟到或旷工的员工，企业可以根据规章制度给予相应的处罚，甚至解除劳动合同。但在解除劳动合同前，应确保已经给予员工足够的改正机会和警告。
案例参考
以您提供的案例为例，上海某医疗公司因员工迟到而扣除高额工资的做法显然是不合法的。法院最终判决公司按劳动者日工资标准扣发相应缺勤时间工资，既保障了劳动者的合法权益，也规范了企业的用工管理权。
综上所述，企业在处理迟到员工时，应确保管理方式的合法性、合理性和善意性。通过制定合理的规章制度、加强沟通教育、关注员工需求等措施，构建良好和谐的用工关系。