在处理肇事司机不是车主的交通事故赔偿问题时，我们需要综合考虑多个因素，包括责任主体的认定、事故处理流程以及保险与赔偿的相关规定。以下是对这一问题的详细解答：
一、责任主体认定
一般原则：
- 赔偿责任主体通常依据“运行支配”和“运行利益”两个标准来确定。即，谁对车辆的运行具有支配和控制权利，以及谁从车辆运行中获利，谁就可能需要承担赔偿责任。
具体情形：
- 租赁、借用等导致分离：若机动车所有人、管理人与使用人分离，且发生交通事故属于机动车一方责任，通常由机动车使用人承担赔偿责任。但如果机动车所有人、管理人有过错（如明知车辆有故障仍出借），也需承担相应责任。
- 车辆被盗抢：若机动车被盗抢后发生事故，由盗窃人、抢劫人或抢夺人承担责任。若与机动车使用人不是同一人，则两者承担连带责任。
- 未经允许驾驶：未经允许驾驶他人机动车发生事故，由机动车使用人承担责任。若机动车所有人、管理人有过错（如未妥善保管车辆），也需承担相应责任。
- 转让拼装或报废车辆：转让拼装或报废机动车发生事故的，转让人和受让人承担连带责任。
- 雇佣关系：若肇事司机与车主为雇佣关系，车主通常需承担赔偿责任。但如司机故意或过失造成事故，两者需承担连带责任，车主可向司机索赔。
二、事故处理流程
确保安全与报警：
- 发生事故后，首先确保人员安全，并及时报警。等待交警勘查现场并出具交通事故责任认定书。
记录现场情况：
联系保险公司：
协商赔偿：
- 根据责任认定结果，受害者与肇事司机、车主及保险公司协商赔偿项目和金额。赔偿项目包括但不限于医疗费、误工费、护理费、交通费等。
提起诉讼：
- 若协商不成，受害者可向有管辖权的人民法院提起民事诉讼，要求相关责任方承担赔偿责任，并提供充分证据支持诉讼请求。
三、保险与赔偿
保险赔偿优先：
- 无论肇事司机是否为车主，只要车辆投保了交强险，保险公司都应在交强险责任限额内对受害人的损失进行赔偿。赔偿范围包括死亡伤残赔偿、医疗费用赔偿和财产损失赔偿。
- 如果车辆还投保了商业第三者责任险，且事故发生在保险期间内，保险公司应根据保险合同约定，在责任限额内对超出交强险部分的损失进行赔偿。
肇事司机的责任：
- 肇事司机作为直接侵权人，应对其因过错造成的损害承担赔偿责任。赔偿范围包括受害人的医疗费、误工费、护理费、交通费、精神损害抚慰金等合理费用。
车主的责任：
- 在一般情况下，如果车主对事故的发生没有过错（如未将车辆借给无驾驶资格的人、未明知车辆存在缺陷仍出借等），车主不承担赔偿责任。
- 如果车主存在过错，如明知肇事司机无驾驶资格或饮酒后仍出借车辆，车主应承担相应的赔偿责任。具体责任比例需根据过错程度由法院判定。
综上所述，处理肇事司机不是车主的交通事故赔偿问题时，我们需要明确责任主体，遵循相关法律法规，并按照既定流程进行处理。同时，保险公司也应在责任限额内承担先行赔偿责任。若双方无法就赔偿达成一致，可通过法律途径解决争议。希望这些信息能对您有所帮助。