非法经营案中的非法所得，一般是指通过不合法的营利性行为所获得的全部收益，在剔除掉直接应用于商业运营过程中的合理支出以后的剩余部分。其计算方式主要有以下几种情形：

1. 一般计算方法：用全部销售收入减去成本。例如，商家以违法价格销售某种商品，那么将该商品的全部销售价款减去其合理成本（如采购、运输、雇佣等直接相关必要开支），得出的结果就是非法所得。这种方法适用于大多数普通的非法经营情况。

2. 特定行为计算方法：

   • 当从事非法买卖外汇活动时，非法所得的计算方式较为简单，就是买卖外汇的价差。比如，低价买入外汇再高价卖出，其中的差价就是非法所得。
   • 若非法出版、印刷、复制、发行严重危害社会秩序和扰乱市场秩序的出版物，其非法所得则是经营该项出版物的全部收入，不扣除任何成本。

3. 特定领域计算方法：在某些特定领域，如药品领域，若存在非法经营药品的行为，非法所得一般按其违法生产、销售药品的全部收入计算，这里的收入既包括成本，也包括利润。

准确计算非法所得对于认定非法经营罪以及量刑至关重要。在实践中，必须依据具体案件事实和相关法律规定，全面考虑交易记录、财务账单等各个方面的数据资料进行精准核算。对于难以精确计算的特殊情形，司法机构会依据案件的具体特征，借助经验规律和逻辑推演等方法来进行大致的估算。

如果您在非法经营案件中面临非法所得的计算问题，或者需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律分析和建议。