结论：公司已付款但供应商声称未收到款项，这一情况本身并不直接等同于诈骗，但可能涉及合同纠纷、付款流程问题或潜在的欺诈行为。具体是否构成诈骗，需根据实际情况和证据来判断。以下从不同角度进行分析：
一、可能涉及合同纠纷
付款流程问题：
- 公司可能已按照合同约定完成了付款义务，但由于银行转账延迟、系统错误或供应商内部财务流程问题，导致供应商未及时收到款项。
- 建议：公司应首先核对付款凭证，如银行转账记录、支付回单等，确认付款是否已成功发出。同时，与供应商沟通，了解其财务流程，确认款项是否因某种原因被滞留或退回。
合同条款争议：
- 合同中可能存在关于付款方式、时间、确认等条款的模糊或争议，导致双方对付款状态的理解不一致。
- 建议：公司应仔细审查合同条款，特别是与付款相关的部分，确认双方的权利和义务。如有必要，可寻求法律专业人士的帮助，对合同条款进行解释和澄清。
二、可能涉及欺诈行为
供应商欺诈：
- 供应商可能故意声称未收到款项，以试图获取额外利益或逃避合同义务。
- 建议：公司应收集所有相关证据，包括付款凭证、合同、沟通记录等，以证明已履行付款义务。如供应商仍坚持其主张，公司可考虑通过法律途径解决争议，如提起诉讼或申请仲裁。
第三方欺诈：
- 存在第三方（如黑客、诈骗分子）通过技术手段干扰付款流程，导致供应商未收到款项，而公司已实际支付。
- 建议：公司应立即报警，并配合警方调查。同时，加强内部安全管理，防止类似事件再次发生。此外，公司可与银行或支付平台沟通，了解付款过程中的异常情况，并寻求其协助解决问题。
三、法律后果与应对措施
法律后果：
- 如果公司确实已履行付款义务，而供应商无理拒绝确认收款，公司可能面临合同违约的风险（如果供应商因此拒绝履行合同义务），但公司也有权要求供应商履行合同或赔偿损失。
- 如果供应商的行为构成欺诈，公司可追究其法律责任，包括要求赔偿损失、支付违约金等。
应对措施：
- 保留证据：公司应妥善保管所有与付款相关的证据，以备不时之需。
- 积极沟通：与供应商保持积极沟通，了解其未收到款项的具体原因，并尝试协商解决争议。
- 法律途径：如协商无果，公司可考虑通过法律途径解决争议，如提起诉讼或申请仲裁。在此过程中，公司可寻求法律专业人士的帮助，以确保自身权益得到充分保护。
进一步思考：在处理此类纠纷时，公司应注重证据的收集和保存，以便在需要时提供有力支持。同时，公司也应加强内部管理，完善付款流程，防止类似事件再次发生。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。