结论：脚踝骨折有内固定的情况下，鉴定机构以未取出内固定为由拒绝进行鉴定，并不一定合法，具体需结合鉴定类型、内固定对鉴定影响及患者具体情况综合判断。以下从不同角度详细分析：
一、从鉴定类型角度分析
伤残等级鉴定：
- 一般原则：伤残等级鉴定通常应在治疗终结后进行，以评估患者因伤导致的永久性功能障碍程度。内固定作为治疗手段，若其存在不影响对伤残等级的评估（如内固定未影响关节活动度等），则鉴定机构不应以未取出内固定为由拒绝鉴定。
- 特殊情况：若内固定存在确实影响了对伤残等级的评估（如内固定位于关节附近，影响关节活动度），则鉴定机构可能会要求患者取出内固定后再进行鉴定，以确保鉴定结果的准确性。但这种情况并非绝对，需结合具体病情和鉴定标准综合判断。
医疗事故鉴定：
- 医疗事故鉴定目的：医疗事故鉴定旨在查明医疗行为是否存在过错，以及该过错与患者损害后果之间的因果关系。内固定的存在与否，通常不影响对医疗行为是否过错的判断。
- 鉴定要求：医疗事故鉴定更注重医疗行为的合规性、合理性及与损害后果的关联性，而非患者身体的具体状态（如内固定是否取出）。因此，鉴定机构不应以未取出内固定为由拒绝进行医疗事故鉴定。
二、从内固定对鉴定影响角度分析
内固定不影响鉴定结果：
- 若内固定作为治疗手段，其存在并不影响对患者伤残等级、医疗行为过错等关键问题的评估，则鉴定机构应依法进行鉴定，不得以未取出内固定为由拒绝。
内固定可能影响鉴定结果：
- 在某些特殊情况下，如内固定位于关键部位（如脊柱、关节等），其存在可能影响对患者功能状态的评估。此时，鉴定机构可能会要求患者取出内固定后再进行鉴定。但即便如此，鉴定机构也应根据患者具体情况和鉴定需要，合理确定取出内固定的时机和方式，而非一概拒绝鉴定。
三、从患者具体情况角度分析
患者身体状况：
- 若患者因身体原因（如年龄、健康状况等）无法承受取出内固定的手术风险，则鉴定机构应考虑患者的实际情况，采取其他合理方式进行鉴定（如通过影像学检查、专家会诊等方式评估内固定对鉴定结果的影响）。
患者治疗意愿：
- 若患者因个人原因（如经济、时间等）不愿取出内固定，且内固定存在不影响对鉴定关键问题的评估，则鉴定机构应尊重患者的选择，依法进行鉴定。
四、法律建议
与鉴定机构沟通：
- 若鉴定机构以未取出内固定为由拒绝鉴定，患者可首先与鉴定机构沟通，了解拒绝鉴定的具体原因和依据。若认为鉴定机构的决定不合理，可要求其出具书面说明。
寻求法律援助：
- 若患者与鉴定机构沟通无果，可寻求法律援助或咨询专业律师，了解自身权益和维权途径。律师可根据患者具体情况和鉴定类型，提供针对性的法律建议和帮助。
申请重新鉴定或复议：
- 在符合法律规定的情况下，患者可向相关部门申请重新鉴定或复议，以维护自身合法权益。
总结：脚踝骨折有内固定的情况下，鉴定机构以未取出内固定为由拒绝进行鉴定并不一定合法。患者应根据鉴定类型、内固定对鉴定影响及自身具体情况综合判断，并采取相应的法律措施维护自身权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。