核心结论：当出现按土地出让合同面积付款但确权面积不同的情况时，一般有以下几种处理方式，具体取决于面积差异的大小、合同约定以及相关法律法规的规定。
- 合同有明确约定的情况
- 按照合同约定处理：如果土地出让合同中对面积差异的处理方式有明确规定，比如约定了面积误差在一定比例范围内（如±3%），多退少补；或者约定了超过一定比例时双方的权利义务，如出让方退还多收的土地出让金及利息，或者受让方补缴不足部分的土地出让金等。那么在这种情况下，双方应当严格按照合同的约定来执行。例如，合同约定面积误差在±3%以内，多退少补。若确权面积比合同面积少了2%，那么出让方应当按照约定退还相应比例的土地出让金给受让方；若确权面积比合同面积多了1.5%，受让方则需补缴相应比例的土地出让金。
- 合同约定优先的依据：根据《中华人民共和国民法典》第四百六十五条规定，依法成立的合同，受法律保护。依法成立的合同，仅对当事人具有法律约束力，但是法律另有规定的除外。所以，在合同有明确约定且不违反法律法规强制性规定的情况下，合同约定是处理面积差异问题的首要依据。
- 合同没有明确约定的情况
- 协商解决：双方可以就面积差异问题进行友好协商，达成一致的解决方案。协商的内容可以包括土地出让金的调整、土地使用期限的变更、其他补偿方式等。例如，双方可以协商按照实际确权面积重新计算土地出让金，多退少补；或者协商由出让方给予受让方一定的经济补偿，以弥补因面积差异给受让方造成的损失。
- 依据相关法律法规处理：如果协商不成，可以依据相关的法律法规来处理。根据《城镇国有土地使用权出让和转让暂行条例》等相关规定，对于土地面积的确认，应当以土地管理部门的确权登记为准。在这种情况下，可能需要参考当地政府出台的关于土地出让面积差异处理的具体办法或政策。一般来说，如果确权面积大于合同面积，受让方可能需要补缴相应部分的土地出让金；如果确权面积小于合同面积，出让方可能需要退还多收的土地出让金及利息。但具体的处理方式和标准会因地区而异。
- 寻求司法途径解决：若双方无法通过协商和依据法律法规达成一致，任何一方都可以向人民法院提起诉讼，由法院根据具体情况进行判决。法院在审理此类案件时，会综合考虑合同的履行情况、双方的过错程度、实际损失等因素，作出公平合理的判决。例如，如果是因为出让方在土地测量或出让过程中存在过错，导致合同面积与确权面积不符，那么法院可能会判决出让方承担主要的责任，给予受让方相应的赔偿。
后续建议：在处理此类问题时，建议你及时收集和整理相关的证据材料，如土地出让合同、确权登记证书、付款凭证等，以便在协商、依据法律法规处理或诉讼过程中维护自己的合法权益。如果你还有其他疑问或需要进一步的帮助，可以直接向我咨询。