结论概述：在法人不知情的情况下，经理指使经办人在正规地方刻制有公安备案的公司印章，这一行为可能涉及多个法律层面的问题，包括公司内部管理责任、印章使用的法律效力以及可能的法律责任等。以下是对这一问题的详细分析：
一、公司内部管理责任
法人不知情的情况：
- 法人作为公司的法定代表人，通常对公司的重大事项具有决策权。若法人对刻制印章一事不知情，可能表明公司内部管理存在漏洞或经理存在越权行为。
- 公司应建立健全的印章管理制度，明确印章的刻制、保管、使用等流程，确保印章的合法性和安全性。若因管理不善导致印章被非法刻制或使用，公司可能需承担相应的管理责任。
经理的责任：
- 经理作为公司的高级管理人员，对公司负有忠实和勤勉义务。若经理在法人不知情的情况下指使经办人刻制印章，可能构成越权行为或违反公司章程和内部管理制度。
- 经理可能因此面临公司内部的纪律处分，甚至可能因滥用职权或违反忠实义务而承担法律责任。
二、印章使用的法律效力
印章的合法性：
- 尽管印章是在正规地方刻制且有公安备案，但若刻制行为未经法人授权或违反公司章程和内部管理制度，该印章的合法性可能受到质疑。
- 在法律上，印章的合法性不仅取决于其刻制过程是否合法，还取决于其使用是否符合公司意志和法律规定。
印章使用的后果：
- 若使用该印章签订的合同或文件被认定为无效或可撤销，公司可能因此承担不必要的法律风险和经济损失。
- 若印章被用于非法活动，如诈骗、伪造文书等，公司及经理可能面临刑事责任。
三、可能的法律责任
民事责任：
- 若因印章被非法使用导致公司遭受损失，公司有权要求经理和经办人承担赔偿责任。
- 若第三人因信赖该印章而与公司签订合同或进行交易，公司可能因表见代理等法律原则而承担民事责任。
行政责任：
- 若刻制印章的行为违反了相关行政法规或规章，如未经许可擅自刻制印章等，公司及经理可能面临行政处罚。
刑事责任：
- 若印章被用于犯罪活动，如伪造公司印章罪、诈骗罪等，公司及经理可能面临刑事责任。根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，伪造公司印章的，可处三年以下有期徒刑、拘役、管制或者剥夺政治权利，并处罚金。
四、建议与措施
加强内部管理：
- 公司应建立健全的印章管理制度，明确印章的刻制、保管、使用等流程，并加强对相关人员的培训和教育。
- 定期对印章的使用情况进行审计和检查，确保印章的合法性和安全性。
及时采取措施：
- 若发现印章被非法刻制或使用，公司应立即向公安机关报案，并采取措施防止损失扩大。
- 同时，公司应评估因印章被非法使用而可能面临的法律风险和经济损失，并制定相应的应对策略。
寻求法律帮助：
- 若公司因印章问题面临法律纠纷或诉讼，应及时寻求专业律师的帮助，以维护公司的合法权益。
总结与启示：公司印章的管理和使用是公司运营中的重要环节，必须严格遵守相关法律法规和公司章程的规定。若因管理不善或越权行为导致印章被非法刻制或使用，公司可能面临严重的法律风险和经济损失。因此，公司应加强对印章的管理和监督，确保印章的合法性和安全性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。