结论：检察院不起诉后，公安一般不会留下案底，但存在特殊情况。以下从不同角度为你详细分析：
不起诉决定与案底的关系
- 一般情况：检察院作出不起诉决定，意味着案件在刑事诉讼程序中终止，犯罪嫌疑人未被法院判定有罪。根据我国法律规定，只有经过法院判决有罪的人才会留下案底（即犯罪记录）。所以，在检察院不起诉的情况下，公安通常不会留下案底。
- 特殊情况：虽然检察院不起诉，但如果公安在侦查过程中，因案件需要或特定程序要求，可能会在内部系统中留下一些与案件相关的记录，但这些记录并不等同于案底。这些记录主要用于公安内部的案件管理和统计，不会对外公开，也不会对个人的日常生活产生实质性影响。
不起诉决定的类型与影响
法定不起诉：根据《刑事诉讼法》第十六条的规定，有下列情形之一的，不追究刑事责任，已经追究的，应当撤销案件，或者不起诉，或者终止审理，或者宣告无罪：
- 情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪的；
- 犯罪已过追诉时效期限的；
- 经特赦令免除刑罚的；
- 依照刑法告诉才处理的犯罪，没有告诉或者撤回告诉的；
- 犯罪嫌疑人、被告人死亡的；
- 其他法律规定免予追究刑事责任的。
- 影响：法定不起诉是检察院根据法律规定作出的决定，一旦作出，案件即告终结，不会留下案底。
酌定不起诉：对于犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚的，检察院可以作出不起诉决定。
- 影响：酌定不起诉是检察院根据案件具体情况和犯罪嫌疑人的表现作出的决定，虽然案件终结，但公安可能会在内部系统中留下相关记录，但这些记录并不构成案底。
存疑不起诉：对于二次补充侦查的案件，检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉的决定。
- 影响：存疑不起诉是检察院因证据不足而作出的决定，案件终结后，公安同样可能留下内部记录，但不会留下案底。
后续行动建议
- 查询记录：如果你担心公安可能留下了与案件相关的记录，可以向当地公安部门咨询，了解具体情况。
- 法律保护：如果你的合法权益因公安的记录而受到侵害，可以依法寻求法律保护，如提起行政诉讼等。
- 咨询律师：如果你对检察院的不起诉决定或公安的记录有疑问，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律意见。
总结：检察院不起诉后，公安一般不会留下案底，但可能存在内部记录。这些记录不会对外公开，也不会对个人的日常生活产生实质性影响。如果你对相关情况有疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。