总体结论：检察院有罪不起诉（实际上应为检察院作出不起诉决定，且该决定基于行为不构成犯罪或依法不应追究刑事责任等情形）的情况下，一般不会留下案底。案底通常指的是犯罪记录，即某人过去有犯法或犯罪行为的记录，而检察院不起诉意味着行为人未被人民法院判定有罪，因此不会产生犯罪记录。
详细分析：
法定不起诉（绝对不起诉）：
- 法律规定：根据《刑事诉讼法》第十六条，若案件存在情节显著轻微、危害不大不认为是犯罪、已过追诉时效、经特赦令免除刑罚、依照刑法告诉才处理的犯罪没有告诉或撤回告诉、犯罪嫌疑人或被告人死亡，以及其他法律规定免予追究刑事责任等情形，人民检察院应当作出不起诉决定。
- 对案底的影响：在此类情况下，由于行为本身不构成犯罪或依法不应追究刑事责任，因此不会留下任何案底。
酌定不起诉（相对不起诉）：
- 法律规定：对于犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者可以免除刑罚的案件，人民检察院有权作出不起诉决定。这通常涉及自首、立功、犯罪预备、犯罪中止等从轻、减轻或免除处罚的情节。
- 对案底的影响：尽管此类案件可能认定了犯罪嫌疑人的行为构成犯罪（在检察院的审查阶段），但由于情节轻微且不需要判处刑罚或可免除刑罚，检察院作出酌定不起诉后，通常也不会留下正式的犯罪记录意义上的案底。不过，部分地区或特定记录系统可能留存相关案件信息，但这并不属于正式犯罪记录，且在多数需要开具无犯罪记录证明的场合，能够正常开具。
存疑不起诉（证据不足不起诉）：
- 法律规定：依据《刑事诉讼法》第一百七十五条第四款，对于经过两次补充侦查后仍然认为证据不足、不符合起诉条件的案件，人民检察院应当作出不起诉决定。
- 对案底的影响：在此类案件中，由于证据不足无法确定犯罪嫌疑人有罪，因此不会留下案底。但若未来发现新证据足以证明犯罪，检察院可能重新提起公诉，若被判定有罪则会留下案底。
特殊情况与注意事项：
- 行政违法记录：虽然检察院的不起诉决定本身不产生犯罪记录，但若行为涉及行政违法，如违反《治安管理处罚法》等，可能会留下行政处罚记录。
- 特定行业或职业影响：在某些行业或职业中，即使检察院作出不起诉决定，相关单位可能根据内部规定进行一定处理或记录，但这与法律意义上的案底不同。
- 后续情况变化：若后续出现新证据或情况发生变化，导致案件重新进入司法程序并被法院判决有罪，则将留下犯罪记录。
总结与建议：检察院的不起诉决定通常意味着案件在刑事层面得到解决，且不会留下犯罪记录。然而，具体情况还需根据案件的具体情况和法律规定来判断。如有任何疑问或担忧，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供更准确的法律意见和帮助。