检察院指控有罪但不予起诉，一般不会有案底。下面我详细为你解释一下：

一、核心结论解释

案底通常指的是犯罪记录，即当一个人被法院判处有罪并受到刑事处罚时，才会在个人档案中留下案底。而检察院指控有罪但不予起诉，意味着虽然检察机关认为犯罪嫌疑人的行为已构成犯罪，但基于某些法定情形（如犯罪情节轻微、证据不足等），决定不起诉。这种情况下，犯罪嫌疑人并未被法院认定为有罪，因此一般不会在档案中留下案底。

二、不同情况下的分析

1. 因没有违法犯罪事实而被不起诉：

   • 这种情况下，当事人完全没有案底，因为检察机关已经确认其没有违法犯罪事实。

2. 因犯罪情节轻微而被不起诉：

   • 虽然检察机关认为当事人的行为已构成犯罪，但由于情节轻微且符合法定不起诉条件，因此不会起诉。这种情况下，虽然理论上可能有本应的案底记载，但实际上并不会对个人生活产生实质性影响，且不属于传统意义上的案底。

3. 存疑不起诉：

   • 即检察机关认为证据不足，不符合起诉条件而作出的不起诉决定。这种情况下，同样不会留下案底。

三、法律依据

根据《中华人民共和国刑事诉讼法》的相关规定，有下列情形之一的，不追究刑事责任，已经追究的，应当撤销案件，或者不起诉，或者终止审理，或者宣告无罪：

• 情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪的；
• 犯罪已过追诉时效期限的；
• 经特赦令免除刑罚的；
• 依照刑法告诉才处理的犯罪，没有告诉或者撤回告诉的；
• 犯罪嫌疑人、被告人死亡的；
• 其他法律规定免予追究刑事责任的。

这些规定为检察院不予起诉提供了法律依据，同时也说明了在不予起诉的情况下，当事人一般不会留下案底。

四、总结与建议

综上所述，检察院指控有罪但不予起诉的情况下，一般不会有案底。如果你对此仍有疑虑或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。在日常生活中，建议保持良好的行为记录，积极改正过往错误，避免再次出现违法违纪行为。