在摩托车承担次要责任的交通事故中，赔偿的处理需要遵循一定的步骤和规则，以确保双方的权益得到合理保障。以下是对这一问题的详细解答：
一、赔偿原则与流程
交强险优先赔付：
- 首先，由小车（在此情境下为承担主要责任方，但赔偿逻辑类似，只是责任比例不同）的交强险在责任限额内进行赔付。交强险的赔偿限额包括：死亡伤残赔偿限额18万元，医疗费用赔偿限额1.8万元，财产损失赔偿限额2000元。
- 交强险的赔付不区分责任比例，只要是在责任限额内，就应全额赔付给摩托车方（即次要责任方中的受害者，若摩托车方有损失）。若摩托车未投保交强险（但此情况中摩托车为次要责任方，通常关注其作为受害者的赔偿，若其未投保不影响小车交强险对其的赔付），则不影响小车交强险的赔付责任。
超出交强险部分的赔偿：
- 对于超出交强险赔偿限额的部分，将按照事故责任比例进行分担。在摩托车承担次要责任的情况下，通常摩托车方承担较小比例（如30%，具体比例可能根据事故实际情况调整），小车方承担较大比例（如70%）。
商业险赔付：
- 如果小车投保了商业第三者责任险，那么小车方承担的超出交强险部分的赔偿责任，可以由商业险在保险限额内进行赔付。
个人承担赔偿责任：
- 若交强险及商业保险赔偿后仍有不足部分，或者小车未投保商业保险，则由小车驾驶人个人承担剩余的赔偿责任。
二、赔偿范围与计算
赔偿范围通常包括：
- 医疗费：涵盖治疗、康复期间的合理费用，如医药费、住院费等，依据医疗机构出具的收款凭证确定。
- 误工费：根据误工时间和收入状况计算，有固定收入的按实际减少的收入计，无固定收入的参照最近三年平均收入或当地相同行业平均工资计。
- 护理费：根据护理人员收入、护理人数和期限确定，参照误工费规定或当地护工劳务报酬标准。
- 交通费：根据实际发生的就医、转院费用计算，需提供正式票据。
- 住院伙食补助费：参照当地国家机关一般工作人员出差伙食补助标准。
- 营养费：根据伤残情况参照医疗机构意见确定。
- 财产损失：包括车辆维修费、车上物品损失等，以实际损失为限，争议时可通过鉴定评估。
三、赔偿计算示例
假设摩托车方总损失为20万元，其中交强险医疗费用赔偿限额内损失为1.5万元，死亡伤残赔偿限额内损失为10万元，财产损失为5000元（均未超过交强险各分项限额），则交强险应全额赔付12万元（1.5万+10万+0.5万，财产损失未超限额按实际赔付）。剩余8万元，若按照摩托车30%、小车70%的责任比例划分，则小车方需承担5.6万元（8万*70%），这部分可由小车的商业险赔付（若投保且保险限额足够），不足部分由小车驾驶人个人承担。
四、注意事项与争议解决
- 保留证据：事故认定书、维修发票、医疗费用清单等相关证据是理赔的重要依据，务必妥善保管。
- 及时通知保险公司：按照保险公司要求提交理赔材料，并积极协助定损工作。
- 争议解决途径：若理赔过程中产生争议，首先尝试友好协商；协商不成时，可请求交通管理部门等组织进行调解；若调解仍无果，任何一方可向人民法院提起诉讼，由法院依法判决。
综上所述，摩托车在交通事故中承担次要责任时，赔偿的处理应遵循交强险优先赔付、超出部分按责任比例分担、商业险补充赔付的原则，并明确赔偿范围与计算方式。在处理过程中，务必保留好相关证据，及时通知保险公司，并在争议无法解决时通过法律途径维护自身权益。