部队医院撤销后，合同工的权益保障及处理方式主要取决于劳动合同的具体约定、相关法律法规以及医院撤销的具体安排。以下是一些可能的情况及对应的处理建议：

1. 劳动合同的继续履行或变更：

   • 如果部队医院撤销后，有新的接收单位或者医院以其他形式继续运营，且新单位或运营方同意接收原合同工，那么根据《劳动合同法》的相关规定，原劳动合同应当继续履行，或者经双方协商一致后进行变更。
   • 建议：合同工应主动与新单位或运营方沟通，了解劳动合同的继续履行或变更情况，并确保自己的权益不受损害。

2. 劳动合同的解除与经济补偿：

   • 如果部队医院撤销后，没有新的接收单位，或者新单位不同意接收原合同工，那么医院应当与合同工解除劳动合同，并根据《劳动合同法》的规定支付经济补偿。
   • 经济补偿的标准通常按照合同工在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。
   • 建议：合同工应要求医院出具正式的解除劳动合同通知书，并明确经济补偿的金额和支付方式。如有争议，可依法申请劳动仲裁或提起诉讼。

3. 社会保险与福利待遇的衔接：

   • 在部队医院撤销过程中，合同工的社会保险和福利待遇的衔接也是一个重要问题。医院应当确保合同工在劳动合同解除前后的社会保险和福利待遇不受影响。
   • 建议：合同工应关注自己的社会保险和福利待遇的缴纳情况，确保在劳动合同解除后能够顺利衔接。如有疑问，可向当地社保部门咨询。

4. 特殊情况的考虑：

   • 对于某些特殊岗位的合同工，如涉及国家秘密或军事秘密的岗位，医院在撤销过程中可能需要采取特殊的保密措施，并可能对合同工的离职产生一定影响。
   • 建议：对于涉及特殊岗位的合同工，应主动了解医院的相关保密规定和离职程序，确保自己的离职过程合法合规。

在处理部队医院撤销后合同工的相关问题时，合同工应保持冷静，主动了解自己的权益和义务，并与医院进行积极沟通。如有需要，可寻求法律援助或咨询专业律师，以确保自己的权益得到充分保障。您有任何具体疑问或需要进一步的法律帮助，都可以直接向我咨询。