农村两家宅基地纠纷可以通过法律程序立案，但具体能否立案以及立案后的处理方式，需根据纠纷类型和具体情况来判断。以下是详细分析：

1. 宅基地权属纠纷
   若双方对宅基地使用权归属存在争议（如一方主张另一方侵占、超占或无权使用），可向当地自然资源部门（原国土部门）申请确权。若对行政确权结果不服，可依法提起行政诉讼，由法院审查确权决定的合法性。

2. 宅基地侵权纠纷
   若一方未经许可占用、破坏宅基地或地上房屋（如私搭乱建、毁坏围墙等），受害方可直接向法院提起民事诉讼，要求停止侵害、排除妨碍、赔偿损失等。此时需提供宅基地使用权证、现场照片、证人证言等证据。

3. 宅基地相邻权纠纷
   若因排水、通行、采光等相邻关系产生矛盾（如一方修建房屋影响另一方排水），可依据《民法典》中相邻关系条款提起民事诉讼，主张排除妨碍或赔偿损失。法院会结合现场勘验和当地习惯判决。

4. 宅基地买卖或继承纠纷

   • 买卖纠纷：若涉及宅基地使用权非法转让（如城镇居民购买农村宅基地），合同可能被认定无效，但卖方可能需返还购房款并赔偿损失（具体以法院判决为准）。
     
   • 继承纠纷：宅基地使用权不能单独继承，但地上房屋可继承。若因房屋继承引发宅基地使用争议，需先明确房屋权属，再通过民事诉讼解决。

立案关键点：

• 需明确纠纷类型（权属、侵权、相邻权等），选择对应的法律程序（行政诉讼或民事诉讼）。
  
• 准备充分证据（如宅基地证、协议、照片、录音等），证据不足可能导致立案被拒或败诉。
  
• 农村宅基地纠纷常涉及地方政策，建议提前咨询当地自然资源部门或法院立案庭，了解具体要求。

若您遇到具体纠纷，可直接向我描述细节（如纠纷原因、现有证据等），我会进一步分析立案可能性和诉讼策略。