结论：吊车去施工现场但不知道是非法施工，是否会被扣车取决于多个因素，包括执法机关的判断、吊车司机是否尽到了合理的注意义务以及是否存在其他违法情形等。以下从不同角度进行详细分析：
执法机关的判断：
- 如果执法机关认为吊车司机在明知或应知施工现场非法的情况下仍提供服务，那么吊车可能会被扣留作为证据或处罚措施的一部分。
- 若吊车司机确实不知情，且没有其他违法情形，执法机关可能会根据具体情况决定是否扣车。这通常取决于执法机关对“不知情”的认定以及吊车在非法施工中所起的作用。
吊车司机的注意义务：
- 吊车司机在进入施工现场前，应尽到一定的注意义务，比如询问施工许可情况、观察现场是否有明显的非法施工迹象等。
- 如果吊车司机未尽到合理的注意义务，即使声称不知情，也可能被视为有过错，从而面临车辆被扣留的风险。
其他违法情形：
- 除了非法施工本身，如果吊车司机在操作过程中存在其他违法行为，如无证驾驶、超载、违反交通规则等，那么吊车也很可能会被扣留。
- 在这种情况下，扣车的原因将不仅仅是非法施工，而是吊车司机的多重违法行为。
法律建议：
- 尽到注意义务：吊车司机在进入施工现场前，应尽可能了解施工许可情况，观察现场是否有非法施工的迹象，并保留相关证据（如询问记录、现场照片等），以证明自己已尽到合理的注意义务。
- 配合执法机关：如果吊车被扣留，吊车司机应积极配合执法机关的调查，提供必要的证据和说明，以争取早日取回车辆。
- 咨询法律专业人士：如果吊车司机对执法机关的决定有异议，或者认为自己的权益受到侵害，应及时咨询法律专业人士，了解自己的权利和义务，并寻求法律帮助。
可能的法律后果：
- 如果吊车被扣留，吊车司机可能需要承担一定的经济损失，如车辆停运期间的损失、罚款等。
- 在极端情况下，如果吊车司机被认定存在严重违法行为或过错，还可能面临刑事责任或更严重的行政处罚。
总之，吊车去施工现场但不知道是非法施工，是否会被扣车并没有一个确定的答案。它取决于多个因素的综合考量。因此，吊车司机在进入施工现场前应尽到合理的注意义务，并在遇到问题时及时咨询法律专业人士。如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。