结论：违建扣吊车是否合法，需根据具体情况判断，一般而言，若行政机关依法定程序进行，则合法；若程序违法或超越职权，则可能不合法。
分析说明：
行政机关依法定程序扣押：
- 根据《中华人民共和国行政强制法》的相关规定，行政机关在查处违法行为时，有权依法对涉案财物进行扣押。对于违建行为，如果行政机关（如城市管理综合执法部门）在依法调查取证后，认为违建行为存在且需要采取强制措施，可以依法扣押用于违建的吊车等工具。
- 关键点：行政机关必须依法定程序进行，包括出示执法证件、告知扣押理由和依据、制作扣押清单等。若程序合法，则扣押行为合法。
程序违法或超越职权：
- 如果行政机关在扣押吊车时未遵循法定程序，如未出示执法证件、未告知扣押理由和依据、未制作扣押清单等，则扣押行为可能因程序违法而被认定为不合法。
- 另外，如果行政机关超越其职权范围进行扣押，如非违建查处部门却扣押了吊车，也可能因超越职权而被认定为不合法。
- 关键点：程序违法或超越职权是扣押行为不合法的常见原因，需仔细审查行政机关的扣押行为是否符合法律规定。
特殊情况下的扣押：
- 在某些特殊情况下，如违建行为涉及重大安全隐患或紧急情况，行政机关可能需要在未完全遵循法定程序的情况下采取紧急措施。但即便如此，行政机关也应在事后及时补办相关手续，以证明其扣押行为的合法性。
- 关键点：特殊情况下的扣押需严格遵循法律规定的紧急措施程序，否则仍可能被认定为不合法。
行动建议：
- 对于违建者：如果认为行政机关的扣押行为不合法，可以依法申请行政复议或提起行政诉讼，以维护自己的合法权益。在申请复议或提起诉讼时，应提供充分的证据证明行政机关的扣押行为存在程序违法或超越职权等情形。
- 对于行政机关：在查处违建行为时，应严格遵循法定程序进行扣押等强制措施，确保程序的合法性和正当性。同时，也应加强内部监督和管理，防止滥用职权和程序违法等情形的发生。
法律后果：
- 如果行政机关的扣押行为被认定为合法，则违建者需接受相应的行政处罚，并可能面临吊车等工具被长期扣押的风险。
- 如果行政机关的扣押行为被认定为不合法，则违建者有权要求行政机关返还被扣押的吊车等工具，并可能获得相应的赔偿。同时，行政机关也可能面临内部纪律处分或法律责任追究等后果。
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