结论：当公司违法时，并不是简单地选择追究股东或法人的责任，而是需要根据具体的违法情况、相关证据以及各相关人员的行为和过错来综合判断。既可能追究股东的责任，也可能追究法人（即法定代表人）的责任，甚至可能同时追究两者的责任。
一、法人（法定代表人）的责任
职务行为的法律后果：
- 法人作为公司的法定代表人，其行为在法律上视为公司行为，由公司承担法律后果。但若法人超越权限签订合同或进行其他违法行为，导致公司损失，法人需与公司承担连带赔偿责任。
违法经营的行政与刑事责任：
- 如果公司的违法行为是基于法人的决策、指挥，或者法人亲自实施了相关违法行为，如偷税漏税、非法经营等，那么法人将需要承担相应的法律责任，这可能包括行政处罚（如罚款、吊销营业执照等）和刑事处罚（如拘留、有期徒刑等）。
协助违法行为的责任：
- 若法人明知公司从事违法犯罪活动仍提供便利条件，如协助隐瞒犯罪所得、提供虚假证明文件等，将构成共犯并承担相应责任。
二、股东的责任
出资义务与有限责任：
- 股东的首要责任是按照公司章程的规定履行出资义务。若股东未足额出资或抽逃出资，需在公司债务不能清偿的范围内承担补充赔偿责任。在有限责任公司中，股东通常以其认缴的出资额为限对公司承担责任；在股份有限公司中，股东则以其认购的股份为限承担责任。
滥用权利的责任：
- 若股东滥用公司法人独立地位和股东有限责任，逃避债务，严重损害公司债权人利益，需对公司债务承担连带责任。例如，通过关联交易转移公司资产、虚构债权债务关系等行为均属此类。
特定情形的直接责任：
- 在一人有限责任公司中，若股东无法证明公司财产独立于个人财产，需对公司债务承担连带责任。
- 股东若参与公司的日常经营管理并存在违法行为，如指使财务人员做假账偷税漏税，则需与实际经营者共同承担法律责任。
三、综合判断与责任追究
- 司法机关在处理公司违法行为时，会全面调查违法事实，确定各相关人员在违法活动中所起的作用、主观过错等因素，以精准认定责任主体。这不仅仅局限于股东和法人，还可能包括公司的其他高管或直接责任人员。
- 责任的追究是一个综合考量多方面因素的过程，包括违法的性质、情节、各主体的角色和过错程度等。因此，不能简单地认为公司违法就只会追究股东或法人的责任。
建议：
- 对于公司而言，应建立健全的合规管理制度，确保公司运营符合法律法规的要求，避免违法行为的发生。
- 对于股东和法人而言，应明确自己的法律责任和义务，遵守法律法规和公司章程的规定，不滥用权利、不逃避债务、不参与违法活动。
- 若公司发生违法行为或面临法律纠纷时，应及时咨询专业律师的意见，以便更好地维护公司的合法权益和避免不必要的法律风险。
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