结论：三方协议中违约金为0，并不意味着违约行为不会在档案中留下记录。是否记录违约行为，主要取决于协议中的具体约定以及相关方的实际操作，而非仅仅由违约金数额决定。以下从不同角度进行详细分析：
协议约定角度：
- 三方协议是各方之间设立、变更、终止民事关系的协议，其内容由各方协商确定。如果协议中明确约定了违约行为将在档案中留下记录，即使违约金为0，这一约定仍然有效。
- 反之，如果协议中没有提及违约行为的记录问题，或者明确约定了不记录违约行为，那么违约行为可能不会在档案中留下记录。但这种情况较为少见，因为通常协议会包含对违约行为的某种形式的约束或记录。
实际操作角度：
- 即使协议中没有明确约定违约行为的记录问题，相关方（如学校、企业或政府机构）也可能根据内部规定或惯例，对违约行为进行记录。这种记录可能用于内部管理、评估或作为未来合作的参考。
- 例如，在学生实习或就业的三方协议中，如果学生违约，学校或企业可能会在其内部档案中记录这一行为，以便未来参考或作为对学生诚信度的评估依据。
法律后果角度：
- 违约金为0并不意味着违约行为没有法律后果。即使没有经济赔偿，违约方仍可能面临其他形式的法律责任，如继续履行协议、赔偿损失（如果因违约给对方造成实际损失）或承担违约责任（如公开道歉、消除影响等）。
- 此外，如果违约行为涉及欺诈、恶意违约等严重情形，违约方还可能面临法律制裁或信用惩戒。
建议：
- 在签订三方协议时，务必仔细阅读协议条款，特别是关于违约行为的记录、处理及法律后果的部分。
- 如果对协议条款有疑问或不确定，建议咨询专业律师或法律顾问，以确保自己的权益得到充分保护。
- 如果已经发生违约行为，且担心会在档案中留下记录，建议与相关方进行沟通协商，寻求妥善解决方案。
总结：三方协议中违约金为0，并不直接决定违约行为是否会在档案中留下记录。是否记录取决于协议中的具体约定以及相关方的实际操作。因此，在签订协议时务必谨慎对待违约条款，并在发生违约行为时及时与相关方沟通协商。如有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。