结论概述：
董事长兼法人代表未经股东同意，私自将借给公司的款项扣回，这一行为可能涉及多个法律层面的问题，包括但不限于违反公司治理结构、损害股东利益以及可能触犯的刑事责任。以下是对此问题的详细分析：
一、违反公司治理结构
法人代表的职责与权限：
- 法人代表作为公司的法律代表，其行为应代表公司利益，并受公司章程和股东会、董事会的决议约束。
- 未经股东会或董事会同意，法人代表不得擅自处置公司资产，包括扣回已借给公司的款项。
公司治理结构的破坏：
- 董事长兼法人代表私自扣回款项，破坏了公司内部的治理结构，特别是股东会、董事会与经理层之间的制衡机制。
- 这种行为可能损害其他股东的利益，因为公司资产被非法处置，影响了公司的正常运营和股东权益。
二、损害股东利益
股东权益的受损：
- 股东作为公司的投资者，享有公司资产的所有权和收益权。
- 董事长兼法人代表私自扣回款项，相当于非法剥夺了股东对公司资产的部分权益，损害了股东的利益。
可能的法律救济：
- 股东可以通过股东会或董事会提出异议，要求董事长兼法人代表纠正其行为。
- 如果行为未得到纠正，股东可以依据《公司法》的相关规定，向法院提起诉讼，要求赔偿损失或恢复原状。
三、可能触犯的刑事责任
挪用资金罪：
- 如果董事长兼法人代表将借给公司的款项视为公司资金，并私自扣回用于个人用途，可能构成挪用资金罪。
- 根据《刑法》的相关规定，挪用资金罪是指公司、企业或者其他单位的工作人员，利用职务上的便利，挪用本单位资金归个人使用或者借贷给他人，数额较大、超过三个月未还的，或者虽未超过三个月，但数额较大、进行营利活动的，或者进行非法活动的行为。
职务侵占罪：
- 如果董事长兼法人代表将扣回的款项视为个人所有，并拒绝归还给公司，可能构成职务侵占罪。
- 职务侵占罪是指公司、企业或者其他单位的人员，利用职务上的便利，将本单位财物非法占为己有，数额较大的行为。
四、建议与措施
立即纠正行为：
- 董事长兼法人代表应立即停止私自扣回款项的行为，并尽快将款项归还给公司。
加强内部治理：
- 公司应加强内部治理结构的建设，完善股东会、董事会和经理层的制衡机制，防止类似事件再次发生。
寻求法律帮助：
- 如果行为已经造成损失或涉嫌犯罪，公司应尽快寻求法律帮助，通过法律途径维护自身权益。
五、注意事项
- 在处理此类问题时，应确保所有行为都符合法律法规和公司章程的规定。
- 如有需要，应及时咨询专业律师（即本人，周燕君律师，专注于离婚、抚养权及公司法务领域），以获取更具体的法律建议和指导。
综上所述，董事长兼法人代表未经股东同意私自扣回借给公司的款项，可能涉及违反公司治理结构、损害股东利益以及可能触犯的刑事责任。因此，应立即纠正行为，加强内部治理，并在必要时寻求法律帮助。如有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。