检察院控告申诉政府行政部门是否违法，不能一概而论，需要分情况讨论：
检察院控告申诉的职能基础
根据《中华人民共和国刑事诉讼法》《人民检察院组织法》等规定，检察院是国家的法律监督机关，依法对刑事诉讼活动、民事诉讼活动、行政诉讼活动以及司法工作人员的违法行为进行监督。控告申诉是检察院履行法律监督职能的重要方式之一，旨在保障公民、法人和其他组织的合法权益，维护司法公正和社会秩序。因此，检察院控告申诉本身并不违法，而是其法定职责的体现。
控告申诉政府行政部门的具体情形
- 政府行政部门存在违法行为：若政府行政部门在行使职权过程中存在违法行政、滥用职权、玩忽职守等行为，侵犯了公民、法人或其他组织的合法权益，检察院可以依法受理控告申诉，并通过调查核实、提出检察建议、提起行政公益诉讼等方式进行监督。这种情况下，检察院的控告申诉行为是合法的，且有助于纠正行政违法行为，保护公民权益。
- 控告申诉内容不实或缺乏依据：若控告申诉的内容缺乏事实依据或法律依据，或者控告申诉人出于恶意、报复等目的进行不实控告申诉，检察院在审查后可能会不予受理或驳回控告申诉。但即便如此，检察院的控告申诉程序本身并不违法，只是控告申诉人的主张未得到支持。
- 控告申诉程序违法：在极少数情况下，如果检察院在控告申诉过程中存在程序违法（如超越职权、违反法定程序等），则可能构成违法。但这种情况较为罕见，且通常会有相应的救济途径（如向上级检察院申诉、申请复议等）。
法律后果与救济途径
- 对政府行政部门而言：若检察院的控告申诉经查证属实，政府行政部门可能面临被责令改正、被提起行政公益诉讼、相关责任人员被追究法律责任等后果。
- 对控告申诉人而言：若控告申诉内容不实或缺乏依据，控告申诉人可能不会得到预期的结果，但通常不会因此承担法律责任（除非存在恶意控告申诉等情形）。若认为检察院的控告申诉程序违法，控告申诉人可以依法寻求救济。
总结与建议：
检察院控告申诉政府行政部门是否违法，取决于具体情形和事实依据。在大多数情况下，检察院的控告申诉行为是合法的，且有助于维护法治秩序和公民权益。如果您认为政府行政部门存在违法行为，或者对检察院的控告申诉程序有疑问，可以直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供专业的法律意见和帮助。