对于事实清楚但诉讼时效届满的案子，法院通常会判决驳回原告的诉讼请求。以下是对此问题的详细分析：
一、诉讼时效的基本概念
诉讼时效是指民事权利受到侵害的权利人在法定的时效期间内不行使权利，当时效期间届满时，债务人获得诉讼时效抗辩权。在法律规定的诉讼时效期间内，权利人提出请求的，人民法院就强制义务人履行所承担的义务。而在法定的诉讼时效期间届满之后，权利人行使请求权的，人民法院就不再予以保护。
二、诉讼时效届满的法律后果
债务人获得抗辩权：当诉讼时效期间届满后，债务人可以提出不履行义务的抗辩。这意味着，即使事实清楚，债务人也有权拒绝履行债务，因为原告已经丧失了通过法律途径强制债务人履行债务的权利。
法院判决驳回诉讼请求：在诉讼中，如果被告提出诉讼时效抗辩，且法院查明诉讼时效确实已经届满，那么法院将会判决驳回原告的诉讼请求。这是因为，诉讼时效的届满意味着原告已经失去了法律上的保护，法院无法再强制被告履行债务。
三、特殊情况下的处理
被告自愿履行：尽管诉讼时效已经届满，但如果被告自愿履行债务，那么原告仍然可以接受履行。在这种情况下，被告不得以诉讼时效届满为由反悔或要求返还。
不适用诉讼时效的情形：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，并非所有请求权都适用诉讼时效的规定。例如，请求停止侵害、排除妨碍、消除危险等请求权，以及不动产物权和登记的动产物权的权利人请求返还财产等情形，不适用诉讼时效的规定。在这些情况下，即使诉讼时效届满，原告仍然可以通过法律途径维护自己的权益。
四、法律建议
及时行使权利：为了避免诉讼时效届满带来的不利后果，权利人应当及时行使自己的权利。在知道或应当知道权利受到侵害后，应尽快向法院提起诉讼或采取其他法律措施。
关注诉讼时效的起算点：诉讼时效的起算点通常从权利人知道或应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。因此，权利人应当密切关注自己的权利状况，及时确定诉讼时效的起算点。
咨询专业律师：在涉及诉讼时效的问题时，由于法律规定的复杂性和专业性，建议权利人咨询专业律师以获取更准确的法律意见和帮助。不过，在我这里，你可以直接向我咨询相关问题，我会为你提供专业的法律解答。
综上所述，对于事实清楚但诉讼时效届满的案子，法院通常会判决驳回原告的诉讼请求。因此，权利人应当及时行使自己的权利，并关注诉讼时效的起算点，以避免不利后果的发生。