民办非企业单位在破产过程中账本丢失，需立即采取以下措施以降低法律风险并尽可能弥补损失：

1. 立即启动内部调查与补救程序

   • 成立专项小组：由单位负责人牵头，财务、审计、法务人员组成，全面梳理账本丢失的具体环节（如保管、交接、存储等），明确责任人。
     
   • 尝试恢复数据：联系专业数据恢复机构，尝试从电子设备（如电脑、服务器、备份硬盘）中恢复财务数据；若为纸质账本，检查是否有副本、扫描件或相关凭证（如发票、合同、银行流水）可辅助重建账目。
     
   • 固定现有证据：收集所有能证明财务状况的材料，如税务申报记录、审计报告、年度工作报告、银行对账单等，尽可能还原资金流向和资产状况。

2. 向相关部门报备并说明情况

   • 破产管理人或法院：若已进入破产程序，需第一时间向破产管理人或法院报告账本丢失情况，提交书面说明及已采取的补救措施，避免因隐瞒导致程序延误或法律责任。
     
   • 登记管理机关：根据《民办非企业单位登记管理暂行条例》，需向业务主管单位和登记管理机关（如民政局）报备，说明丢失原因、影响范围及补救方案，配合调查。
     
   • 税务机关：若涉及税务问题，需向主管税务局说明情况，避免因账目不全被认定为偷逃税款。

3. 评估法律风险并制定应对策略

   • 行政责任风险：根据《会计法》第四十二条，账本丢失可能面临“对单位处三千元以上五万元以下罚款”的行政处罚；若存在故意销毁账本行为，可能升级为“对单位处五千元以上十万元以下罚款”。需通过补救措施证明非主观故意，降低处罚风险。
     
   • 刑事责任风险：若账本丢失被认定为“隐匿、故意销毁会计凭证、会计账簿、财务会计报告”，且情节严重（如涉及税款5万元以上），可能触犯《刑法》第一百六十二条之一，相关责任人可能面临五年以下有期徒刑或拘役。需通过内部调查证明无主观恶意，避免刑事追责。
     
   • 破产程序影响：账本丢失可能导致破产财产清算、债权人权益分配等程序受阻。需通过其他证据（如第三方审计报告、资产评估报告）辅助证明财务状况，确保破产程序合法推进。

4. 重建账目并完善后续管理

   • 委托专业机构重建账目：聘请会计师事务所或审计机构，基于现有证据（如银行流水、合同、发票）重建财务账目，出具专项审计报告，作为破产清算的依据。
     
   • 完善财务制度：修订财务管理制度，明确账本保管、交接、备份流程，采用电子化存储（如云备份）并定期异地备份，防止类似事件再次发生。
     
   • 加强人员培训：对财务人员、管理人员进行法律和财务规范培训，强化责任意识，避免因操作失误导致法律风险。

总结：账本丢失虽会增加破产程序的复杂性，但通过及时补救、主动报备、专业重建账目，可最大限度降低法律风险。若涉及具体操作细节（如如何与破产管理人沟通、如何准备补救材料），可进一步向我咨询，我会结合您的实际情况提供针对性建议。