针对公司被执行人有入账但拒不履行的情况，首先明确结论：公司作为被执行人，在有入账的情况下仍拒不履行生效法律文书确定的义务，这是违法行为，会面临一系列法律后果。以下从多个角度为您详细分析并给出建议：
一、法律后果
强制执行措施：
- 根据《中华人民共和国民事诉讼法》及相关司法解释，法院有权对被执行人采取多种强制执行措施，包括但不限于冻结银行账户、查封财产、扣押财物等。若公司有入账但拒不履行，法院可直接冻结其银行账户，划拨资金以履行义务。
罚款与拘留：
- 若公司拒不履行人民法院已经发生法律效力的判决、裁定，法院可根据情节轻重予以罚款、拘留。对单位的罚款金额，为人民币五万元以上一百万元以下；对直接负责的主管人员和其他直接责任人员的罚款金额，为人民币十万元以下。拘留的期限，为十五日以下。
纳入失信被执行人名单：
- 公司若拒不履行义务，还可能被纳入失信被执行人名单，这将对公司信誉造成严重影响，限制其高消费行为，如乘坐飞机、高铁等，并可能影响其参与招投标、政府采购等活动。
刑事责任：
- 在极端情况下，若公司拒不执行判决、裁定，情节严重的，还可能构成拒不执行判决、裁定罪，面临刑事处罚。
二、应对建议
主动履行义务：
- 公司应主动与申请执行人沟通，了解具体履行要求，并尽快安排资金履行义务。这不仅可以避免法律后果，还有助于维护公司信誉和正常经营。
与法院沟通：
- 若公司确实存在困难无法立即履行义务，应及时与法院沟通，说明情况并申请延期履行或分期履行。法院会根据实际情况作出相应裁定。
寻求法律援助：
- 若公司对执行程序或法律后果存在疑问，可寻求专业法律援助，如咨询律师或申请法律援助机构提供帮助。这有助于公司更好地了解自身权利和义务，并制定合理的应对策略。
配合执行工作：
- 在执行过程中，公司应积极配合法院的工作，如提供必要的财务资料、协助法院查封财产等。这有助于加快执行进程，减少不必要的法律纠纷。
三、特殊情况处理
- 若公司认为执行行为违法：
- 公司可根据《中华人民共和国民事诉讼法》的规定，向执行法院提出书面异议。法院会在收到异议后十五日内审查，并作出裁定。若公司对裁定不服，还可向上一级人民法院申请复议。
作为专业律师，我建议您公司务必重视执行问题，及时履行义务或与法院、申请执行人沟通协商解决方案。若您在此过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。