有权查在职员工工资流水的部门主要包括税务部门、劳动监察部门以及司法机关（如法院、检察院）。以下是对这些部门权限的详细解释：

1. 税务部门：

   • 权限依据：根据《中华人民共和国税收征收管理法》及相关税收法规，税务部门有权对纳税人的纳税情况进行检查，包括工资薪金等个人所得税的申报和缴纳情况。
   • 检查方式：税务部门在税务检查过程中，可能会要求企业提供员工的工资流水，以核实个人所得税的申报是否准确。

2. 劳动监察部门：

   • 权限依据：依据《中华人民共和国劳动法》和《劳动保障监察条例》，劳动监察部门负责监督用人单位遵守劳动保障法律、法规的情况，包括工资支付、最低工资标准执行等。
   • 检查方式：在劳动监察过程中，如果怀疑用人单位存在拖欠工资、未按规定支付工资等违法行为，劳动监察部门有权要求用人单位提供员工的工资流水作为证据。

3. 司法机关（法院、检察院）：

   • 权限依据：在涉及劳动纠纷、刑事案件等法律诉讼中，法院和检察院作为司法机关，有权根据案件需要调取相关证据，包括员工的工资流水。
   • 调取方式：司法机关可以通过法律程序，如发出调查令或 subpoena（传票），要求用人单位或银行提供员工的工资流水。

额外说明：

• 企业配合义务：在上述部门依法进行调查或检查时，用人单位有义务配合提供相关证据，包括员工的工资流水。拒绝配合或提供虚假信息可能面临法律责任。
• 员工隐私保护：虽然相关部门有权查在职员工工资流水，但这一权力并非无限制的。在调取和使用工资流水时，必须遵守相关法律法规，保护员工的隐私权和个人信息安全。

建议：

• 如果您作为员工对工资流水的查询有疑问或担忧，可以先与用人单位沟通了解情况。
• 如果您认为用人单位或相关部门在查询工资流水过程中存在违法行为或侵犯了您的隐私权，可以向相关部门投诉或寻求法律援助。

如有任何进一步的问题或需要法律帮助，请直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供专业的法律意见。