结论：员工作为公司股东，若现在不想继续持有股份且公司不配合变更，是可以通过法律途径来尝试涤除其股东身份的，但具体能否成功需视情况而定。以下从不同角度为你详细分析：
一、法律背景与依据
股东身份变更的法律规定：
- 根据《公司法》及相关司法解释，股东身份的变更通常需要通过股权转让、公司减资、公司回购股权等方式实现。若员工希望退出公司，理论上应与公司或其他股东协商，通过上述合法途径完成股权变更。
公司不配合的法律后果：
- 若公司拒绝配合办理股权变更手续，员工可以依据《公司法》及公司章程的相关规定，向公司提出书面请求，要求公司履行变更登记义务。若公司仍不履行，员工有权向法院提起诉讼，要求法院判令公司办理股权变更登记。
二、法律途径与操作建议
协商解决：
- 尝试沟通：首先，建议员工与公司进行友好协商，明确表达退出意愿，并探讨可能的解决方案，如股权转让给其他股东或第三方、公司回购股权等。
- 签订协议：若双方达成一致，应签订书面协议，明确股权变更的具体条款和条件，以确保双方权益。
法律诉讼：
- 提起诉讼：若协商无果，员工可以向法院提起诉讼，要求公司履行股权变更登记义务。在诉讼过程中，员工需提供充分证据证明其已履行退出公司的相关义务，且公司无正当理由拒绝办理变更登记。
- 法院判决：若法院认定员工诉求合理，将判令公司办理股权变更登记。若公司仍不履行判决，员工可申请法院强制执行。
特殊情况处理：
- 股权回购请求权：若员工符合《公司法》规定的股权回购条件（如公司连续五年不向股东分配利润，而公司该五年连续盈利且符合分配利润条件等），员工可以要求公司回购其股权。
- 公司解散或清算：在极端情况下，若公司经营严重困难或存在其他法定解散事由，员工可以请求法院解散公司并进行清算，从而间接实现退出公司的目的。但这种方式成本较高且风险较大，应谨慎选择。
三、可能面临的法律后果与风险
诉讼成本：
- 提起诉讼需要支付诉讼费、律师费等费用，且诉讼过程可能耗时较长，员工需做好相应的经济和时间准备。
执行难度：
- 即使法院判令公司办理股权变更登记，若公司拒不履行判决，员工仍需通过强制执行程序来实现权益。这可能涉及更多的法律程序和执行成本。
其他股东权益影响：
- 股权变更可能涉及其他股东的权益，如优先购买权等。员工在退出过程中需确保不损害其他股东的合法权益，以避免引发新的法律纠纷。
四、综合建议
全面评估：
- 在决定采取法律途径前，员工应全面评估自身情况、公司状况及法律风险，确保退出决策的合理性和可行性。
寻求专业帮助：
- 鉴于法律程序的复杂性和专业性，建议员工在退出过程中寻求专业律师的帮助，以确保自身权益得到充分保障。你可以直接向我咨询相关法律问题，我会为你提供专业的法律建议。
保持沟通：
- 在整个退出过程中，员工应与公司保持良好沟通，尽量通过协商方式解决问题，以减少法律纠纷和成本支出。