结论：报价单未盖公章但通过系统上传，其合规性需结合具体情况判断，包括公司内部规定、交易习惯、双方约定以及相关法律法规的要求。以下从不同角度进行分析：

1. 公司内部规定与交易习惯：

   • 公司规定：许多公司内部有明确规定，要求报价单等正式文件必须加盖公章方为有效。若公司有此类规定，则未盖公章的报价单即使通过系统上传，也可能因不符合内部流程而被视为无效。
   • 交易习惯：在特定行业或长期合作的双方之间，可能存在特定的交易习惯，如电子签名或系统确认即视为有效。若双方有此类习惯，且该习惯不违反法律法规，则未盖公章的报价单通过系统上传可能被视为合规。

2. 双方约定：

   • 合同条款：若双方在合同中明确约定了报价单的形式、签署方式及有效性条件，则应遵循合同约定。若合同未明确要求报价单必须加盖公章，则通过系统上传的报价单可能被视为有效。
   • 补充协议：双方也可通过补充协议的形式，对报价单的签署方式及有效性进行特别约定。若补充协议中允许未盖公章的报价单通过系统上传，则该行为合规。

3. 相关法律法规：

   • 电子签名法：根据《中华人民共和国电子签名法》的相关规定，可靠的电子签名与手写签名或者盖章具有同等的法律效力。若报价单通过系统上传时附带了可靠的电子签名，且该电子签名符合法律要求，则未盖公章的报价单仍可能被视为有效。
   • 合同法：根据《中华人民共和国民法典》中合同编的相关规定，当事人采用合同书形式订立合同的，自当事人均签名、盖章或者按指印时合同成立。但法律并未规定报价单等文件必须加盖公章方为有效，因此，在双方无特别约定的情况下，未盖公章的报价单通过系统上传，若能证明双方的真实意思表示，仍可能被视为有效。

4. 实际操作建议：

   • 完善内部流程：为避免纠纷，公司应完善内部流程，明确报价单等文件的签署方式及有效性条件，并确保员工遵守。
   • 明确双方约定：在签订合同时，双方应明确约定报价单的形式、签署方式及有效性条件，以减少后续争议。
   • 保留证据：无论报价单是否加盖公章，双方均应妥善保留相关证据，如系统上传记录、电子邮件往来等，以证明双方的真实意思表示。

可能后果：若报价单未盖公章且通过系统上传被认定为无效，可能导致双方对合同条款、价格等产生争议，甚至影响合同的履行。因此，在签订合同时及后续交易过程中，双方应谨慎处理报价单等文件的签署及上传事宜。

进一步思考：在实际操作中，报价单的合规性不仅涉及法律问题，还涉及公司内部管理、交易效率等多方面因素。因此，在处理此类问题时，应综合考虑各种因素，寻求最佳解决方案。若您对此类问题仍有疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。