您有权向定制客运公司主张权利，且可通过多种途径维护自身合法权益。具体分析如下：

1. 客运公司承担侵权责任的基础
   根据《民法典》第1165条，行为人因过错侵害他人民事权益造成损害的，应当承担侵权责任。三岁小孩被客运车撞伤，若司机存在未观察路况、超速等过错行为，客运公司作为车辆运营主体需承担赔偿责任。即使司机无重大过错，根据《民法典》第1191条，用人单位工作人员因执行工作任务造成他人损害的，由用人单位承担侵权责任，客运公司仍需担责。

2. 保险理赔与客运公司责任的关联性
   若客运车辆已投保交强险及商业三者险，保险公司应在保额范围内先行赔付。但保险理赔方案不合理（如拒赔、少赔）时，您可同时主张：

   • 直接要求客运公司补足差额：保险赔付不足部分，客运公司仍需承担最终赔偿责任；
     
   • 起诉保险公司与客运公司：若保险公司存在故意拖延、恶意拒赔等情形，可将其列为共同被告，要求法院判决其按合同履行赔付义务。

3. 维权的具体操作建议

   • 证据固定：立即报警并获取《交通事故责任认定书》，收集现场照片、监控录像、医疗记录等证据；
     
   • 协商谈判：向客运公司出具书面索赔函，列明赔偿项目（医疗费、护理费、残疾赔偿金等）及计算依据；
     
   • 投诉举报：向当地交通运输管理部门投诉客运公司安全管理漏洞，施加行政压力；
     
   • 诉讼途径：若协商无果，可在事故发生地或被告所在地法院起诉，申请伤残鉴定并主张精神损害抚慰金。

特别提醒：若客运公司以“保险已全赔”为由推诿，需注意保险合同可能存在免赔条款（如超载、酒驾等），但此类条款对第三方无效，您仍有权要求客运公司全额赔偿。建议尽快委托律师介入，避免错过诉讼时效（人身伤害诉讼时效为3年）。