关于单独起诉工程款开票义务是否适用专属管辖的问题，结论是：一般不适用专属管辖，但需结合具体案情和合同约定综合判断。以下从不同角度详细分析：

1. 专属管辖的适用范围

根据《民事诉讼法》第三十四条，专属管辖主要适用于以下三类案件：

• 不动产纠纷（如土地使用权转让、建筑工程施工合同纠纷等，但需注意：仅因不动产纠纷提起的诉讼才适用，若纠纷核心并非不动产本身，则不适用）；
• 港口作业纠纷；
• 继承遗产纠纷。

工程款开票义务本质是合同履行中的附随义务（即付款方要求收款方开具发票的义务），其争议焦点通常围绕“是否履行开票义务”“开票金额是否正确”等，不属于不动产纠纷本身，因此一般不直接适用专属管辖。

2. 合同纠纷的管辖原则

若工程款开票义务争议被纳入合同纠纷范畴（如双方在施工合同中明确约定了开票条款），则适用《民事诉讼法》第二十四条的一般地域管辖原则：

• 被告住所地或合同履行地法院均有管辖权；
• 合同履行地的确定需结合合同义务：若争议焦点为“开票义务”，则合同履行地通常为收款方（即开票方）所在地（因开票是收款方的义务，其所在地为义务履行地）。

例外情形：若双方在合同中明确约定了“争议解决条款”（如“因本合同产生的争议，由XX法院管辖”），则优先适用约定管辖，排除法定管辖。

3. 司法实践中的倾向性观点

• 多数观点：工程款开票义务争议属于合同履行中的附随义务争议，应按合同纠纷处理，适用一般地域管辖或约定管辖，而非专属管辖。
• 少数观点：若开票义务与工程款支付紧密关联（如合同明确约定“付款以开票为前提”），且工程款支付本身涉及不动产（如建筑工程款），可能间接认为争议与不动产相关，从而尝试主张专属管辖。但此类观点需严格审查合同条款和争议焦点，实践中认可度较低。

4. 给您的建议

1. 审查合同条款：优先查看施工合同中是否约定了“争议解决条款”或“开票义务条款”，明确管辖法院或合同履行地。
2. 区分争议焦点：若争议仅围绕“是否开票”“开票金额”，则按合同纠纷处理；若涉及工程质量、工程款结算等核心问题，可能需结合不动产纠纷处理。
3. 提前规划诉讼策略：若希望由特定法院管辖，可在合同中明确约定管辖法院；若已发生争议，需结合案情和证据，选择对己方有利的管辖法院。

总结：单独起诉工程款开票义务一般不适用专属管辖，但需结合合同约定和争议焦点综合判断。若您有具体案情或合同条款需要分析，可直接向我咨询，我会结合细节为您进一步解答。