结论：委托代理人社保由分公司缴纳，不影响其作为代理人的资格，但需结合具体法律关系和代理事项综合判断。以下从不同法律场景展开分析：

1. 民事诉讼代理场景

根据《民事诉讼法》第六十一条，委托代理人可为律师、基层法律服务工作者，或当事人的近亲属、工作人员、社区/单位推荐的人。

• 若代理人是分公司员工：
  需满足“当事人工作人员”身份，即与当事人（总公司或分公司）存在劳动关系。此时，社保由分公司缴纳可证明劳动关系存在，不影响代理资格。
  例外：若分公司无独立诉讼主体资格（如未领取营业执照），需以总公司名义委托，但代理人身份仍可成立。

• 若代理人非员工（如外部律师）：
  社保缴纳主体与代理资格无关，只需符合律师执业规范（如无利益冲突、未被吊销执照等）。

2. 商事代理（如合同签订、业务洽谈）场景

根据《民法典》第一百六十一条，民事主体可通过代理人实施民事法律行为。

• 关键点：代理人是否具有代理权（如授权委托书、职务代理权限）。
  
  • 若分公司员工基于职务行为代理（如分公司经理签署合同），社保缴纳证明劳动关系，代理行为有效。
    
  • 若超越职权或无授权，即使社保由分公司缴纳，仍可能构成无权代理，需总公司追认或承担表见代理风险。

3. 劳动争议代理场景

根据《劳动争议调解仲裁法》第二十四条，劳动者可委托律师、基层法律服务工作者，或工会、企业代表组织、单位推荐的人作为代理人。

• 若劳动者委托分公司同事：
  需满足“单位推荐”条件，社保缴纳可辅助证明劳动关系，但需单位出具书面推荐函，代理资格方可成立。
  
• 若单位委托员工代理：
  需明确授权范围，社保缴纳不影响代理有效性。

4. 特殊限制情形

• 利益冲突：若代理人与案件结果存在利害关系（如分公司与总公司利益对立），可能被禁止代理。
  
• 行业规范：部分领域（如金融、医疗）对代理人资质有额外要求（如执业证书），社保缴纳不替代此类资质。

建议：

1. 明确代理场景（诉讼/商事/劳动争议等），确认代理人身份（员工/外部律师）；
   
2. 检查授权文件（委托书、推荐函等）是否完备；
   
3. 评估是否存在利益冲突或行业特殊限制。
   

如有进一步疑问，可直接向我咨询具体场景下的法律风险。