申请变更合同的主体单位，通常涉及合同权利义务的概括转移或部分转移，需根据合同性质、法律规定及合同约定来操作。以下是具体步骤和注意事项：

1. 审查原合同条款
   首先需仔细审查原合同中是否包含关于主体变更的条款，例如“合同转让”“权利义务转移”等约定。若合同明确禁止或限制主体变更，需与合同相对方协商一致，或通过补充协议修改原条款。

2. 协商一致并签订书面协议
   根据《民法典》第五百四十三条至第五百五十六条，合同变更需双方协商一致。变更主体单位属于重大变更，必须与原合同相对方（如另一方当事人、担保人等）达成书面协议，明确新主体承接的权利义务范围、责任划分等核心条款。

3. 履行通知或审批义务

   • 通知义务：若合同涉及第三方利益（如租赁合同中的承租人转租），需按合同约定或法律规定通知相关方（如房东、债权人等）。
     
   • 审批义务：若合同属于需行政审批的特殊类型（如建设工程合同、中外合作经营企业合同），变更主体可能需经原审批机关同意，否则变更无效。

4. 办理工商变更登记（如需）
   若新主体为法人或非法人组织，需确保其已依法设立并完成工商登记。若变更涉及公司合并、分立等情形，还需按《公司法》规定办理注销、新设登记或变更登记，并公告。

5. 交接与履行保障

   • 资产与文件交接：原主体需向新主体移交与合同相关的资产、文件、技术资料等，确保新主体能继续履行合同。
     
   • 担保与债权处理：若原合同有担保（如抵押、保证），需与担保人协商是否继续为新主体提供担保，或重新签订担保协议。
     
   • 债权债务承继：明确新主体是否承继原主体的全部债权债务，或仅部分权利义务，避免遗漏或纠纷。

6. 法律风险防范

   • 合同效力：确保变更程序符合法律强制性规定，否则可能导致合同无效或部分无效。
     
   • 违约责任：在变更协议中明确原主体与新主体的违约责任划分，避免推诿扯皮。
     
   • 税务合规：若变更涉及资产转让或股权变更，需按税法规定缴纳相关税费，避免税务风险。

示例场景：
若A公司将与B公司签订的供货合同主体变更为其子公司C公司，需：

1. 审查原合同是否允许转让；
   
2. 与B公司签订书面协议，明确C公司承接供货义务，A公司是否继续承担连带责任；
   
3. 若合同需审批（如政府采购合同），需经原审批部门同意；
   
4. 办理C公司工商登记（如尚未设立）；
   
5. 完成货物、技术资料的交接，并通知相关物流方；
   
6. 在协议中约定若C公司违约，A公司是否需赔偿B公司损失。

如有具体合同类型或变更情形，可进一步向我咨询，我会结合实际情况提供更详细的操作建议。