违纪所得已扣押的退赔，需根据违纪行为的性质、相关法律规定及案件处理阶段，分情况处理，具体如下：

1. 若违纪行为构成犯罪，且案件已进入司法程序
   根据《中华人民共和国刑法》第六十四条，犯罪分子违法所得的一切财物，应当予以追缴或者责令退赔；对被害人的合法财产，应当及时返还。此时，扣押的违纪所得需由司法机关（如法院、检察院）根据判决结果处理：

   • 若判决明确退赔被害人，司法机关会直接将扣押财物返还被害人；
     
   • 若判决追缴违法所得上缴国库，则由司法机关依法处理，无需退赔给个人。
     关键点：退赔需以生效判决为依据，个人无权直接要求返还扣押财物。

2. 若违纪行为未构成犯罪，但违反行政法规或单位纪律
   根据《中华人民共和国行政处罚法》或单位内部规定，扣押的违纪所得可能需退赔给受损方或上缴单位：

   • 行政处罚场景：若行政机关（如市场监管局、税务局）认定违纪行为违法，可能责令退赔被害人或没收违法所得；
     
   • 单位内部处理场景：若违纪行为仅违反单位规章制度（如贪污、挪用公款），单位可能根据内部纪律处分条例，要求违纪者退赔损失，并由单位将扣押财物返还被害人或上缴财政。
     关键点：退赔程序需遵循行政机关或单位内部规定，通常需通过正式决定或协议执行。

3. 退赔的具体流程

   • 司法程序中的退赔：被害人需向司法机关提交退赔申请，并提供损失证明（如合同、转账记录等）；司法机关审核后，从扣押财物中按比例退赔。
     
   • 行政或单位处理中的退赔：被害人需向行政机关或单位提交书面申请，说明损失情况；行政机关或单位调查后，责令违纪者退赔，并监督执行。
     关键点：无论何种程序，退赔均需以“实际损失”为限，且需保留相关证据（如扣押清单、判决文书、退赔协议等）。

4. 特殊情形处理

   • 扣押财物已灭失或贬值：若扣押的违纪所得因保管不善灭失或贬值，退赔时可能按市场价值折算补偿；
     
   • 违纪者无退赔能力：若违纪者无力退赔，司法机关或单位可能暂缓执行，待其有履行能力时再追缴；
     
   • 多人共同违纪：若违纪所得由多人共同获取，退赔时需按各自责任比例分担。
     

建议：若您涉及违纪所得退赔问题，需根据具体场景（司法、行政或单位内部）准备相应证据，并遵循法定程序申请退赔。如有疑问，可直接向我咨询，我将结合您的案件细节提供进一步分析。