在处理违纪案件中，若违纪所得无法完全退还，这确实是一个需要细致考量的问题。首先，我们要明确的是，违纪所得的处理并非简单的“一退了之”，而是需要遵循党规党纪，以事实为依据进行综合判断。
针对您提出的问题，以下是一些详细的解答和建议：
一、违纪所得退还的原则
及时性：对于当场不能拒收的财物，正常情况下应在短期内通过多种方式退还。这是判断是否构成违纪的重要因素之一。
有无特殊事由：如果收受财物后因特殊原因（如重病住院）无法及时退还，待情况好转后应立即退还，并可能需要向组织说明情况。
向组织报告：若因各种因素未能及时退还财物，当事人应将财物上交组织，并如实报告。组织可以是当地纪检监察机关、派驻纪检监察机构，也可以是本单位党委（党组）及组织人事部门等。
二、违纪所得无法完全退还的处理
已退还部分的处理：对于已经退还的部分，如果符合上述退还原则，通常不会被认定为违纪。但退还的时间、方式以及是否向组织报告等因素都会影响最终的判断。
未退还部分的处理：
三、具体案例分析
以您提供的案例为例，杨某退还给王某的3万元现金符合短期内退还条件，且未向组织报告但退还行为本身符合规定，因此不应认定为违纪。然而，对于尚某所送的28000元现金，杨某在离任前才退还，且期间两人正常在岗，具备退还条件却未及时退还，也未向组织报告，这说明杨某对这笔财物存有侥幸心理。因此，这部分财物被认定为违纪所得，并受到了相应的处分。
四、建议
增强纪律意识：党员干部应增强纪律意识，严格遵守党规党纪，避免收受他人财物。
及时退还或上交：如果因各种原因收受了他人财物，应及时退还或上交组织，避免给自己带来不必要的麻烦。
积极配合调查：在违纪案件调查过程中，应积极配合组织的工作，如实说明情况，争取从轻或减轻处分。
综上所述，违纪所得无法完全退还时，应遵循党规党纪，以事实为依据进行综合判断。当事人应主动上交未退还的违纪所得，并积极配合组织的调查工作。