在违纪案件中，如果本人拒绝退赔，处理方式会因案件性质、涉及金额、单位规定以及法律法规的不同而有所差异。以下是从不同角度为你详细分析的情况及建议：
一、单位内部处理
纪律处分：
- 如果违纪行为属于单位内部规章制度所禁止的，且本人拒绝退赔，单位有权根据规章制度对其进行纪律处分，如警告、记过、降职、撤职甚至开除等。
- 法律依据：这主要依据单位内部的规章制度，这些规章制度通常会在员工入职时或在职期间进行告知，并作为员工行为的准则。
扣发工资或奖金：
- 在某些情况下，单位可能会根据规章制度，对拒绝退赔的员工扣发部分工资或奖金，以作为对其违纪行为的惩罚。
- 注意：这种扣发应当合理且符合法律法规的规定，不能随意扣发员工的全部工资或奖金，否则可能构成违法行为。
二、法律途径
民事诉讼：
- 如果违纪行为造成了单位的经济损失，且本人拒绝退赔，单位有权向法院提起民事诉讼，要求员工赔偿损失。
- 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，因过错侵害他人民事权益造成损害的，应当承担侵权责任。
- 流程：单位需要准备充分的证据，如违纪事实的证明、损失的计算依据等，并向法院提交起诉状。法院在审理后，会根据事实和法律规定作出判决。
刑事诉讼（如构成犯罪）：
- 如果违纪行为涉嫌犯罪，如贪污、受贿、挪用公款等，且本人拒绝退赔，单位或相关机关有权向公安机关报案，由公安机关进行侦查，并最终由检察院提起公诉。
- 法律依据：根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，对于构成犯罪的行为，应当依法追究刑事责任。
- 后果：如果员工被认定有罪，除了需要退赔违法所得外，还可能面临刑罚的处罚，如有期徒刑、拘役、罚金等。
三、其他建议
沟通协商：
- 在采取法律途径之前，单位可以尝试与员工进行沟通协商，了解其拒绝退赔的原因，并寻求双方都能接受的解决方案。
- 好处：通过沟通协商，可以避免不必要的法律纠纷，节省时间和成本，同时也有助于维护单位的和谐氛围。
寻求法律援助：
- 如果单位在处理违纪案件时遇到法律难题或不确定如何操作，可以寻求专业律师的法律援助。
- 作用：律师可以提供专业的法律意见和指导，帮助单位更好地处理违纪案件，维护自身的合法权益。
针对你提出的问题，如果违纪案件中的本人拒绝退赔，单位可以根据具体情况选择内部处理或法律途径来解决问题。在处理过程中，建议单位保持冷静和理性，遵循法律法规和单位规章制度的规定，以合法、合理、公正的方式处理违纪案件。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。